總統府發言人陳以信10日證實，馬英九總統已命總統府秘書長曾永權10日上午前往拜會中研院院長翁啟惠，轉達馬英九已決定批准翁啟惠於3月29日所提的辭呈。
根據總統府提供的馬英九親筆信函照片顯示，馬英九5月9日在翁啟惠3月29日提出的辭呈上批示，「為維護中研院聲譽，經審酌各界高度期待，茲同意翁啟惠院長辭職，副院長王汎森、王瑜、王鈞惠均予留任，並派王汎森副院長代理院長。百五、五、九」
而下屆院長遴選問題，馬英九在10日給翁啟惠的信函中表示，他將指示總統府與3位新任中研院長候選人聯絡並進行面談，以利他或新任總統決定人選。
以下是馬英九10日致翁啟惠信函全文：
啟惠院長勛鑒：
貴院長自95年10月接掌中研院院長職務以來，致力提升國內學術研究水準，促進國際學術交流合作，至佩賢勞。
近三月來社會各界及立法院對 貴院長疑涉浩鼎案，極為關注。本（105）年3月28日晚英九接獲 貴院長自美來電話，擬以口頭方式請辭中研院院長職務，英九當即表示以越洋電話請辭如此重要職位，並不相宜，應以書面提出較為妥適；嗣3月29日復接 貴院長傳真辭職信函（如附件），有關請辭一事，英九業於3月30日批示：「中研院為我國最高學術研究機關，其院長之進退，事關重大。請翁院長儘速回國向本人及立法院報告後再予處理，以維護中研院之聲譽並避免外界誤解。」本項批示經即傳真回復 貴院長，其旨在促請 貴院長身為政務官及機關首長，宜先回國向英九及立法院報告後，再由英九決定 貴院長之去留。 貴院長當時已進入「請辭待命」狀態，諒蒙察及。
謹按 貴院長已於4月15日自美返國，先後於當日及25日兩次與英九會面說明浩鼎案疑義，復於4月18日及27日兩度赴立法院教育及文化委員會就浩鼎案提出專案報告並接受質詢， 貴院長諒已體察各界對浩鼎案及 貴院長去留之高度關注。
綜觀近日相關報導，各界對 貴院長因浩鼎案遭檢察官訊問、搜索引發之進退問題，多持「應辭職」之看法。諸如：總統當選人蔡主席英文認為「應尊重 貴院長辭職決定」、李前院長遠哲公開表示「應辭職接受檢調調查」、朝野政黨均認為「應立即辭職，靜候司法調查，讓國家最高研究機關盡快回復正常運作」、立法院教育及文化委員會跨黨派立委4月27日亦共同通過提案要求「立即辭職，靜候司法調查」等。 貴院長4月25日與英九會面時，雖表示「此時辭職，將造成人事極大動盪，甚或影響我國際聲譽」，然則此一考量，顯係多慮。因此，英九為維護中研院聲譽，並在審酌各界期待後，決定同意 貴院長3月29日所提辭呈。 貴院長請辭獲准後，英九將依機關政務首長辭職通例，立即留任王汎森、王瑜、王惠鈞等三位副院長，並指派其中一位副院長代理院長職務，以維持中研院正常運作，至下任院長產生就任為止，絕不致因 貴院長辭職造成人事動盪，尚祈釋懷。
至於 貴院新院長遴選過程中， 貴院評議會臨時更改《中研院評議會會議規則》中之選舉辦法，引發議論。此舉即便如評議會所言已行之有年，是否符合相關法規要求，仍然備受外界（含立法院）之質疑。針對此一疑義，立法院已決議要求本府與 貴院提出書面說明， 貴院實應適時釐清或補正。
此外，日前有三十餘位院士連署提出異議，認為現行由評議會遴選院長制度所引發之若干爭議，應予檢討，並建議下任院長應由預定本年七月舉行之院士會議遴選產生。但亦有數十位院士表達不同看法， 貴院亦應正視並研議解決之道。
至於 貴院呈報之新任院長遴選名單，英九在與候選人親自面談，並徵詢渠等對中研院未來發展抱負之前，不宜率爾為之。爰請 貴院儘速安排遴選名單上之候選人來府面會，以便英九或下任總統依法克盡遴選並任命新任中研院長之責。耑此，即頌
道祺
