繼一級致癌物氯乙烯後，六輕的二氧化硫（SO₂）排放，也被國內公衛學者盯上，指其對當地學童呼吸道健康造成極大危害。中興大學工學院副院長莊秉潔提出，一旦六輕燃煤機組停止營運，將造成台灣10％的發電缺口，但危機也是轉機，孩子的健康更不能等，建議六輕釋出善意，即日起安排燃煤機組歲修，待明年夏季用電高峰期再恢復營運。
台大公衛學院研究再度指向六輕汙染，引發國內、外各界高度矚目。台大公衛學院院長陳為堅表示，台大此次研究引用的數據，並非流行病學常見的問卷，而是回溯專業醫師診治病童時下的正式診斷；至於汙染物二氧化硫的排放數據，則是來自環保署長期設在當地的測站，公信力絕對經得起考驗。這也是為何台大這篇研究能迅速獲得國際知名期刊《國際環境》（Environmental International）採用的原因。
莊秉潔指出，生煤中本來就含有硫，環保署相關研究也指出，自六輕1999年中旬正式進駐雲林地區營運後，當地空氣中的二氧化硫汙染，至少就有約6成是來自六輕；更甚者，二氧化硫對人體呼吸道乃至於眼睛健康的危害，在醫學上早已是不爭的事實，在在證明台大此次發表的是篇相當難得、且重要性不容小覷的研究。
雲林援引地方自治條例，將於2年後有條件禁燒生煤及石油
他強調，事實上，雲林縣政府早在去年就援引地方自治條例，宣布將於2年後有條件禁燒生煤及石油，其中針對六輕的12個燃煤機組，更頒出了限期減燒20％生煤的禁令；否則，依規劃六輕12個燃煤機組的許可證，其中3張將於明年4月被撤銷、餘下9張也將於明年6月被撤銷。
莊秉潔說，大家不要小看六輕燃煤機組的發電量，其量能不但占了全國總發電量的10％，且比核一加核二廠加總的發電量還多。換言之，姑且不論台大此次研究的影響力，倘若六輕無法依雲林縣政府要求在期限內減燒生煤20％，明年就必須相繼停工，又時值夏天，屆時全台大缺電恐勢所難免。
但危機也可以是轉機。台大職業醫學與工業衛生研究所教授鄭尊仁表示，長期該做的事一直不做，拖到現在才做，自然要付出代價，「但只要是該做的事，就不能不做！」更何況事關孩子的健康，政府更沒有任何拖延的理由，比照美國加訂二氧化硫小時值的排放標值，更是刻不容緩。
鄭尊仁補充，燃燒生煤衍生的汙染物，絕對不會只有二氧化硫，國外針對煙囪內煤灰所作的細胞與動物研究就證實，其內含的各種粒狀及氣狀汙染物，除了會造成呼吸道的發炎反應，也會誘發各種心血管疾病。為了保障國人健康，政府絕對有責任針對環保與產業的共存共榮，訂定完善且可行的政策。
