一、地方黨部：黨中央管轄的下級機關
由於歷史因素，國民黨的中央－地方關係向來較為複雜，在民主化前，國民黨即相當忌憚地方政治勢力出現獨大，或是進入中央，因此對地方菁英採取分而治之的策略，利用自身的政治地位，給予地方菁英好處，使得這些地方菁英願意遵從於國民黨，雙方形成地方派系研究著名的恩庇－侍從關係。然而即使雙方有結盟互惠關係，國民黨卻仍始終對地方菁英相當不放心，極力去避免地方菁英進入黨中央的權力核心，因此就透過制度設計，將地方黨部作為黨中央在地方代理，管控地方菁英的同時，亦關上地方菁英藉由地方黨部進入黨中央的可能。
而從制度上來看，黨章第 25 條即明定地方黨部必須執行黨中央的指示，其主委的產生辦法亦由黨中央制定(黨章第 26 條)，並且由於地方主委的人事權在相當程度上歸屬於黨主席，使得地方黨部不僅在制度上被設計為黨中央的下級機關，地方主委亦成為黨主席的國王人馬，導致地方黨部僅能遵循黨中央的指揮，無法擁有其自主性。即是說，國民黨地方黨部的存在不是用以匯聚、反映地方民意，而承前所述，更傾向於扮演黨中央在地方的代言人，並且藉此控管地方菁英。
另一方面，黨中央將地方黨部主委的人事權緊抓在手，除可控管地方菁英外，亦可藉此來避免地方菁英進入黨中央，從而將地方菁英和民意封閉於地方。也就是說，由於地方黨部主委的人事權由黨中央掌控，因此國民黨的黨中央對地方來說具有高度的封閉性，地方菁英及其意見難以參與或納入黨中央的決策之中，使得國民黨中央許多涉及地方的決策，經常受到地方反對。最顯著的衝突點即在於國民黨中央對地方菁英競選公職的介入，甚至屢有搓掉初選，導致地方菁英不滿而退黨參選，造成選舉失利的結果。而值得一提的是，這也是為何民進黨很少發生脫黨參選，而國民黨屢屢發生的原因，因為民進黨的地方黨部具有相對高的自主性，且民進黨中央也未如同國民黨般，高度介入地方公職的參選人選。
二、地方黨部主委直選：恩庇－侍從關係的轉變
然而在自由化和民主化後，由於國民黨不再能以黨領政，政治權力大幅衰弱，造成國民黨中央與地方的關係發生轉變，從過往與地方菁英上對下的恩庇－侍從關係，逐漸往對等的盟友關係發展。也就是說，由於自身的衰弱，使得黨中央越來越需要地方的奧援，然而地方菁英在地方上卻不見得需要黨中央的支持。因此在黨中央與地方的權力關係此消彼長的情況下，就讓國民黨的地方菁英愈加不甘於受黨中央恣意指揮。不過另一方面，黨中央權威雖然衰弱，其亦不願放棄制度所賦予的權限，使得地方菁英不滿黨中央不再如同過去能給予其足夠的恩庇，也就是掛國民黨身分即可選上公職的保障，卻又在制度上保持中央控管地方的特質，處處箝制，形成黨中央與地方之間的制度性困境，造成兩者之間的衝突。
