一、立院黨團：黨中央在立院的代理人
隨著自由化和民主化的時代到來，立法院的重要性也與日俱增。尤其在立委增額補選、全面改選與國民大會任務化後，立法院不再是過往行政機關或政黨的橡皮圖章，一舉成為國內最重要的民意機關和政治核心。這也連帶使得立法院各政黨的黨團和立委身價水漲船高，不容忽視。而由於黨團在〈立法院組織法第 33條〉中，被賦予正式地位，享有相關的法律權利，因此黨團就不是政黨的下屬機關，有其自主性。即是說，由於立院重要性的提升，以及黨團具有正式法律地位，能自主行使特定立法功能，就使得黨團立委並非是政黨在立院的代理人。而立委的自主性，更可以需要依靠政黨來當選的程度做出區分，區域立委自主性較高、不分區立委則較低。
不過雖然黨團具有正式法律地位，不應僅是政黨的下屬機關，或是在立院的代理人，然而黨團在各政黨的獨立程度亦是有所不同。國民黨在處理黨中央與黨團的關係上，即沿襲其黨中央集權的特徵，成立由黨中央主導的政策會，其執行長(黨團大黨鞭)亦由黨主席決定，而非黨團直選，以藉政策會來對黨團運作進行控管。也就是說，由於黨團係產生於立院，而非黨組織，並且有正式法律地位，因此使得國民黨中央必須藉由政策會，任命其執行長作為黨團大黨鞭，來作為控制黨團的橋樑。因為若沒有政策會扮演橋梁，由於黨團立委不由黨內部所產生，因此黨中央在組織架構上，就無從掌握黨團。總地來說，國民黨中央透過黨主席任命政策會執行長的制度權限，來控管黨團運行，使得國民黨的立院黨團受黨中央所掌控。
二、黨團大黨鞭直選：黨團重要性的提高
由於黨中央對黨團歷來採取控管的態度，因此在自由化和民主化之後，黨中央權威的衰退，自然也引起黨中央與黨團之間的摩擦。國民黨立委早在 90 年代時，即開始表達對黨中央控管黨團的不滿。在馬英九任黨主席任內，更由於行政部門時常在事前未與黨內立委溝通，表決時又要求立委相挺，若有不同意見者動輒黨紀伺候，引發不少藍委反彈，要求提高黨團自主性。不過即使如此，黨中央仍未改控管黨團的方針，直至近兩年來接連在選舉上遭逢慘敗，黨團自主的議題又浮上檯面。國民黨團在 2016 年 3 月時即在黨團大會上決議政策會執行長應由黨團直選，試圖改變過去由黨主席指派作法，甚至引發外界架空黨主席的聯想。現任黨主席洪秀柱於就任後，亦就政策會執行長直選議題與黨團展開交鋒，公開表示說黨團直選的總召為政策會當然的「副執行長」，藉此在保留黨主席指派執行長權限的同時，利用政策會的組織架構，將黨團直選總召至於自身任命的執行長之下，以發揮控管黨團的效果。最終在引起藍委反彈後，洪秀柱才表示將尊重黨團總召直選，不將其置於政策會執行長之下，使得黨中央與黨團之爭看似暫時告一段落。
