法務部研擬《財團法人法》，行政院發言人徐國勇點名蔣經國基金會與中技社，政府獲配董監事席次偏低，讓政府捐助財團法人再度成為焦點，根據主計總處統計，政府捐助財團法人到2016年為止共有165個，其中，政府累積捐助金額低於5成者一共43家，並以經濟部督導財團法人最多，但較具爭議性的，反而是一些年度業務支出偏低，卻擁有大量資產的財團法人，例如寄生蟲防治會、華欣文化事業等等，過去曾經擁有華視2成多股權的黎明文化事業，甚至不在主計總處統計之列。
政府捐助比率低於5成者共43家 運作、財產難掌握
行政院政務委員許璋瑤去年底向總統蔡英文報告政府捐助財團法人狀況，根據主計總處統計，政府捐助成立的財團法人有165個，基金收支約2500億元。這個數字看似驚人，但165家財團法人當中，有122個必須將年度預算送立法院審查，其中絕大多數都是《預算法》中規定，政府捐助比率超過5成的財團法人，但也有部分為財務自主、政府不再編列預算（例如敦睦基金會），或政府與民間發起後，每年依規定必須向業者收取費用的準行政法人，例如金管會的汽車交通事故特別補償基金、住宅地震保險基金、保險安定基金、投資人保護中心、保險事業發展中心等等。
由於政府附屬財團法人，長期以來被外界批評為退休官員酬庸之處，相關單位為此被監察院多次糾正，行政院自2012年開始，也組成「政府捐助之財團法人行政監督專案小組」，每年公布監理報告，但根據國發會2016年公布的監理報告中 ，並不包括政府累計捐助比率低於5成的43家財團法人。
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儘管政府針對其捐助比率逾5成財團法人，可以依據《民法》等相關法律廢止其設立許可，但內政部在2015年以「亞洲土地改革與農村發展中心」不具政策性及公益性為由，對該中心做成解散處分，卻遭到該中心董事至法院抗告，顯示政府捐助財團法人退場困難重重。
根據主計總處報告，政府捐助財團法人存在幾個問題，除了喪失當初設立政策目的，原本功能已不復存在外，部分法人擁有龐大資產卻脫離公益方向，淪為少數人掌控，如同私產，並成為少數機關人士退休後再任之處。
經濟部轄下數量最多 外貿協會、中技社、資策會都遭點名
根據主計總處報告，目前政府捐助比率低於5成的財團法人共43家，由經濟部督導的家數最多，包括規模最大的是外貿協會（年度支出70億元）、中技社；資策會年度支出50億元，其他規模較小的還包括食品工業研究所、車輛研究測試中心、商業發展研究院、精密機械研究發展中心、塑膠工業研究發展中心、紡織產業綜合研究所、台灣創意設計中心、醫藥工業技術中心、鞋類暨運動休閒科技發展中心、大電力試驗研究發展中心與中國驗船中心、中華穀類食品工業技術研究所。
