九合一選舉，國民黨慘敗，國民黨秘書長曾永權及行政院長江宜樺29日在第一時間請辭獲准，國民黨主席馬英九僅說「應負責任不會迴避」，經過一夜長考，馬英九30日決定將辭去黨主席。依照規定，必須修改黨章，重新選舉黨主席。依目前黨內狀況，新北市長朱立倫與副總統吳敦義是呼聲較高的人選。
此外，台北市長郝龍斌身為督導副主席，為結果負責，也已請辭副主席。
目前距離2016年大選，只剩不到一年半的時間，根據時間估算，明年上半年就要決定角逐大位的人選，因此，國民黨現在是與時間賽跑，盡快決定新的黨主席，一起為2016年打拼。
根據國民黨黨章，總統時自就任起兼任黨主席，卸任總統時免兼之。主席缺位時，由第一副主席代理，召開臨時全國黨代表大會，並於3個月內改選新主席。因此，馬英九請辭之後，將由吳敦義代理，直到改選出新任黨主席為止。
2007年，馬英九的首長特別費案被起訴，馬英九請辭，由吳伯雄代理，後來吳伯雄請辭代理主席，投入黨主席補選，擊敗洪秀柱。
