台北市長柯文哲身為前陳水扁總統的醫療小組成員，29日為扁的病情開小組會，台灣北社社長張葉森會後表示，醫療小組希望台北市長柯文哲能再次出面，呼籲蔡總統特赦扁，並稱柯文哲有允諾。柯31日上午出席「大安區行動市政會議」，會後僅表示，「不解決就會被問題解決，不處理不是一個好的方法」，還說，「大陸都可以處理毛澤東問題了，為什麼台灣作為一個民主自由的社會，沒有辦法處理阿扁問題，這沒有道理」。
柯文哲明白阿扁的特赦涉及敏感的政治，他31日表示，雖然有時候在政治上，不處理也是處理事情的方法，不過，就他個人經驗，還是主張「盡量能處理就處理」，他說，「面對問題是解決問題的第一步，不解決就會被問題解決，不處理不是一個好的方法，就好像兩岸僵住不是好的方法」。
至於怎麼處理？柯文哲說，1981年6月27號，中共11屆中央委員會第六次全體會議的文章，《關於建國以來黨的若干歷史問題決議》，他認為很有啟發性，意思是要對過去的歷史作一個總結定調，國家可以繼續往前走，這是不錯的經驗，「至於要怎麼做那我就不會講太多，總統自己要去思考的」。
不過，柯文哲隨即也表示，特赦不是完全沒有配套，重要的是把事情做一個結束，特赦只是一個名詞，對整個事件還是要有個總結，把問題解決掉。
柯文哲還提及「大陸都可以處理毛澤東問題了，為什麼台灣作為一個民主自由的社會，沒有辦法處理阿扁問題，這沒有道理」。
媒體關心陳水扁寫了一封信給台中監獄，內容為何？對此，柯文哲表示，有copy版，但沒有時間看，還說阿扁的字實在太潦草了，讀到一半不想讀了，算了。
柯文哲說，醫療小組每個人有每個人的想法，但他的態度很清楚，還是應該把問題做個結束，繼續往前走，不要花太多力氣在內耗，要做個總結。
