至於處理加害人作法，林佳和說，「真相委員會」往往被認為「不處理加害人，才組真相委員會」，但事實是60幾個國家都有組成；有些人認為必須放過加害人，但在南非、阿根廷是希望加害人在電視前述說「我過去做什麼」。然而，這作法一開始被認為很好，後來被認為失敗，因為很少人願意到電視前說自己做過哪些。
至於刑事追訴，如果是國際法的核心犯罪如種族屠殺、反人性暴行、戰爭罪，基本上要追訴起來沒問題，適用「普世管轄權」，最有名的是案例即智利前總統皮諾契，即便其後來逃到西班牙，英國法院也要追訴他。
然而刑事追訴的缺點常是「個別化罪責」，常聚焦在特定加害人做過什麼、忽略掉體系之惡，「是那個人可惡，不是他濫權」。此外，刑事追訴也有也必須考量到《刑事訴訟法》的重要原則，例如無罪推動、當事人拒絕陳述的權利等，這對年代久遠的案件會產生很大追訴困難、被告量刑上也有困難，因此相關案件法院會選擇不管前因後果、不管政治偵防時空背景、只問被告做了什麼，最後適得其反，讓轉型正義的體系性背景完全被忽略，「只會說他在某年某月某天做什麼，國家體系好像就沒問題。」
為降低裁判困難、增加被告接受度，刑事追訴上也長期協商解決「拜託你認罪」，是各國不得不的選擇，畢竟事件往往有年代間隔，就算抓得到被告，若對方審到一半離開人世，一切又化為烏有了。然而協商作法，可能也與眾人認知的「正義」有落差。
刑事追訴的最經典案例是1994年盧安達百日種族大屠殺，國際法院、內國法院、盧安達「草地法院」各級法院同時啟動，昨天屠殺剛結束、各級法院就馬上啟動審判，這被認為是國際典範，但也是幾乎不可能再現的作法。
關於刑事追訴是否會違反溯及既往原則，無論歐洲人權法院、德國聯邦憲法法院都認為不違反公約的情況下可以容許例外，最有名的例外就是「轉型正義」，然而，儘管國際認為追訴沒有時效問題，很多威權時期的犯行其實不算是國際法上的核心犯罪，也有爭議。
東德「除垢」經驗：將昔日有侵害人權疑慮的公務員排除於公務體系之外，未來有效防堵侵害人權情事再現
至於公部門的人事清查，即所謂「除垢」，林佳和說這較常見於東歐經驗，係透過一定程序，將昔日有侵害人權疑慮的公務員排除於公務體系之外，未來有效防堵侵害人權情事再現。
依過去經驗，警察、國安單位是被除垢的主要目標，東歐除垢會把清查結果公諸於世，是大部份人可以看得到、不是利害關係人才可以閱覽，然而捷克也曾發生過記者擅改檔案事件，捷克檔案局作法是消極地決定：既已無法查明真偽，乾脆全部都公開、世人自由判斷。東歐最有名的「線民」係波蘭前總統華勒沙，其一直堅持自己是冤枉的、多數人也相信他是被冤枉的，但他的名字就是在檔案裡有記錄，也不確定是否為當時線民或特務基於某些目的偽造檔案。
