反萊豬公投沒通過，蔡政府認為排除了台美、台日貿易障礙，將趁勢追擊。據相關官員透露，繼開放美國萊豬之後，台灣爭取在中國和韓國之前加入「跨太平洋夥伴全面進步協定」（CPTPP），加速準備相關的談判工作，很快就會解除福島5縣市食品進口禁令。因為CPTPP明年1月底、2月初將舉行部長級會議，有學者據此研判，開放時間在「明年農曆年前」，政府將解除對福島5縣市相關食品的進口限制。
民進黨將在24日與日本自民黨舉行「2＋2會談」，將會涉及到開放日本核食及加入CPTPP的經貿問題。經濟部長王美花20日表示，面對日本食品將會採用國際標準及科學證據，同時也會照顧到國民健康安全；王美花說，國際談判是行政院經貿談判辦公室負責，相關食品開放是由衛福部把關，目前經濟部尚未討論相關議題。
今年元旦，蔡政府開放含萊克多巴胺（萊劑）的美國豬肉，引起關心食安問題的民眾反彈，國民黨發動反萊豬公投，但最後沒有通過，而且不同意票高於同意票。經貿官員認為國際經貿「機會打開來了」，不但能夠加強台美、台日關係，並有助於台灣參加CPTPP，因為日本對台灣開放福島核食「抱持高度期待」，所以必須謹慎處理台日關係。
