前總統陳水扁「保外就醫」中，只是暫時外出尋求治療，如果病好了，就必須回監獄繼續執行刑期，因此，理論上他是病人，不可能自由自在的參加活動。然而，為了幫助兒子陳致中在高雄市議員黨內初選衝人氣，陳前總統違反了中監提出的「不上台、不演講、不受訪、不談論政治」四不原則，現身陳致中晚會並上台幫助造勢；與此同時，挺扁團體也到監察院陳情，高喊「平反扁案、彈劾違法法官、檢察官」，並請求監委陳師孟徹查，陳師孟毫無意外也一肩扛起，承諾「盡力而為」。一時之間，陳水扁無罪釋放的想像空間大增。
近幾年來，陳水扁是否貪污有罪，應否「保外就醫」，應否特赦，一直是各界關注的焦點，輿論也頗為兩極，有極端相信陳水扁無罪應予釋放者，也有厭惡認為根本裝病耍特權者。陳水扁案在本質上，絕非單純的藍綠政治問題，否則，當蔡英文上台後，政權一把抓，大可逕行特赦陳水扁，時至今日，陳水扁仍只有保外就醫，沒有特赦，即可佐證。
一言以蔽之，陳水扁案涉及了司法的公正，無法以政治手段輕易解決。當年陳水扁自行召開記者會公開道歉，承認不當收取了鉅額政治獻金，這是無庸置疑的違法事實，也是他自認的。單純收錢，除了行政罰鍰，依政治獻金法仍有可能涉及刑責，如果不只收錢還進而為相對的瀆職行為，就變成了賄賂貪污。是以，陳水扁涉及刑責，必為司法問題，而非政治問題。即使其中部分判決理由未必令人心服（如法定職權說或實質影響力說等），判決定讞後，畢竟具有司法的形式，不容輕易廢棄。再加上具體服刑後，又以「病重」為由保外就醫，但出獄後的表現讓人感受不到「病重」，只感受到特權，甚至還有立委提出修法，欲將未定讞者亦得赦免、赦免效力不僅免刑還包括免除罪名等，凡此種種，都是陳水扁案難以處理的背景。這些背景，導致任何欲以傷害司法公正的手段處理扁案，都會引來社會上多數人的不滿。難怪有陰謀論者提出，必等馬英九也遭到司法定罪，陳馬兩人才會同時赦免，以減少藍綠對立。
從整體制度面來看，總統在任期內的「犯罪行為」，究應如何認定違法性，是一個困難的問題。舉例來說，很多美國電影都曾播過某些橋段或情節，某架民航飛機上載有毒氣或核彈，一旦降落就會造成很大死傷，但機上有數百位無辜民眾，於是美國總統掙扎於該不該下令擊落飛機，最後下令開火。如果真的擊落，美國總統是否犯了殺人罪？任期後該不該被抓起來關一輩子或處死刑？下令收買敵方將領，構不構成行賄外國公務員罪？這些可能具有阻卻違法性事由、涉及國家法益衡量的行為，在司法上確實有處理的困境。然而，單純的犯罪行為，則不應無限上綱阻卻違法。例如，在任內強姦婦女，就很難想像任期後有什麼不能被抓起來的正當理由。個案上來看，陳水扁收受政治獻金、圖利特定人，行為類型在一般民眾的眼中，並不屬於可以阻卻違法的行為，在特定人眼中則有（例如有人認為是為台獨籌措資金的）。這種有無阻卻違法性的問題，見仁見智，法院可以獨立審判決定，太陽花無罪（以公民抗抵權作為阻卻違法事由）就是明顯的例子。
