台北市長柯文哲因為愛滋器捐案遭到監察院彈劾，並被公懲會決議降兩級改敘，妻子陳佩琪為此召開記者會控訴台大醫院高層串供，涉偽造流程、竄改報告；此案的懲處判定促使柯文哲決意參選台北市長，如今，柯文哲已經當選、上任，公懲會在今年1月駁回柯的再議聲請，原本柯文哲堅持要提出二次再議，但在核心幕僚、辦公室主任蔡壁如的極力勸說下，加上柯文哲對老東家台大醫院的情感，幾經長考，柯文哲終於在2月8日向公懲會提出再審的最後期限決定放下，讓愛滋器捐案劃下句點。
台大醫院偽造器捐SOP流程 成為判定柯疏失關鍵
柯文哲核心幕僚指出，對於因為愛滋器捐案遭到監察院彈劾、公懲會懲處，柯文哲始終堅持是不公的判定，因為台大醫院在2011年8月30日提出一份造假的調查報告，偽造OPO（器官捐贈移植）小組的SOP流程，這份報告成為監察院、公懲會認定柯文哲在愛滋器捐案有所疏失的關鍵，「錯誤的調查報告導致錯誤的認定」，也讓柯文哲在官方的調查中始終難以翻身，儘管柯文哲私下曾說過，「我應該已經回不去台大了。」但一提起愛滋器捐案，他依然氣憤難平。
台大醫院2011年8月30日提出的「HIV陽性器官移植事件檢討報告」，內附一份同年3月1日通過的OPO小組新版SOP流程，但令人訝異的是，這是一份連OPO小組主要負責人柯文哲，甚至OPO小組中負責執行任務的協調師都不知道也未曾執行過的所謂「新版SOP程序」，卻成為判定柯文哲在愛滋器捐案疏失的關鍵。
知情人士指出，台大醫院宣稱於2011年3月1日通過的OPO小組「新版SOP流程」，實際上只是台大醫院檢醫部在當日院內會議中為討論「外院捐贈者檢驗費用之計價與帳務處理SOP」有關計價、費用議案時所附上的「OPO小組SOP流程」，根本未經過正式提出討論，卻在爆發愛滋器捐案後，被台大醫院移花接木做為早在事發前已通過的OPO小組執行器捐的SOP流程，也因此柯文哲認為台大醫院「偽造流程」。
協調師無權限查詢檢驗報告 台大醫院版SOP不可行
知情人士進一步表示，該份遭台大醫院宣稱已通過而柯文哲及其OPO小組未落實執行的「新版SOP流程」，成為認定柯文哲應該負責的關鍵。在該份新版流程規定和OPO小組實際運作的標準作業程序最大的差異有二，其一是，新版流程的器官移植檢體受理標準程序是，檢醫部在完成器捐檢體檢驗時，除應先以電話通知器官捐贈小組成員，雙方確認覆誦報告外，並應「將報告鍵入台大醫院檢驗報告系統以供查詢」，採取事前「雙重確認」檢驗報告的程序。但實際上，OPO小組的協調師在接到器捐案件通報時，隨即趕往捐贈者所在的醫院，根本不在台大醫院內，因此台大醫院的檢驗室人員完成檢驗時，雙方只會以電話確認、覆誦報告結果，協調師根本沒有權限可以進入台大醫院內部的電腦系統登錄或查詢檢驗報告。因此所謂新版的SOP根本不可行，此為其謬誤所在。
