上述種種大學沈淪的亂象，其關鍵何在？這是因為大學早就失去了學術自主的獨立性、也忘了學術發展的本質在於追求真理。如今台灣的大學，早已沈溺在功利社會的各種資本遊戲中了。作為一個本應獨立於任何世俗利益價值之外的學術殿堂，一旦開始對經費、資源、生存、招生、KPI、以及各種實質利益「有所求」，當然就有了枷鎖、束縛與顧忌，不再是以真理為唯一目標那般地義無反顧。就像毛姆（William Somerset Maugham, 1874-1965）在《人性枷鎖》中所說的：人類生命中的各種枷鎖向來都是來自人性裡那些永不止息的慾望。於是，被利用、被工具化、在各種利害關係之間患得患失、輾轉不已、翻騰糾結、徹夜難眠，為的不就是這些渴求而不可得的慾望嗎？大學的沈淪，不就是為了這些利益糾葛而自縛手腳嗎？大學，早就忘了「何謂大學？」了，大學裡的袞袞教授諸公們，也早就忘了韋伯（Maximilian Karl Emil Weber, 1864-1920）所說的「學術作為一種志業」的理想了。這就是台灣的高等教育正逐漸商品化而走向「低級教育」的沈淪過程。試想，台灣近二十年來的高教沈淪現象，哪一樣不是跟「大學商品化」有關聯？這跟美國學者崔西∙麥克米蘭∙卡敦（Tressie McMillan Cottom）在《低級教育》（Lower Education）書中所說的「企業化營利學院」（for-profit college）的狀況一模一樣。無怪乎政治人物的黑手能趁勢介入大學校園，攪動風雲、操弄情勢了！
怎麼辦？台灣的大學教育與學術研究還有救嗎？台灣高等教育崩壞已久，其實已經沒有什麼一步到位的解救捷徑了，那些競爭型的學術計畫只會造成各大學之間的惡性競爭，教育職業化或國際化之類的虛假目標也只是像放煙火般短暫璀璨效果而已，唯有一步步紮實的回歸學術本質，才是根本之道。
那麼，大學老師在課堂上應該教些什麼呢？老師在課堂上必須摒除個人主觀的成見，客觀地介紹各種不同的知識理論、研究方法和學術信念，仔細對比這些不同立場的學術主張，分析鑑別這些學術研究成果的前提假設、推論方法及適用範圍，然後在這些基礎上，讓學術本身自主地開展出它各種可能的面貌和結果，即使它最後的結論與研究者或教學者原本的預期不盡相同，也必須尊重這是學術自主的結果（研究成果或學習結果），而不是「先射箭，再畫靶」操弄研究結果來符合自己的預期。
但是，現在的學術活動卻似乎離這樣的理想愈來愈遠了。林智堅論文門事件，明顯可以看出：不同的政治立場，竟然可以對同樣的研究論文內容產生出不同的學術解釋。難怪過去這幾十年來台灣學術的發展，常常會因著研究者不同的宗教信仰、政治立場、商業利益、門閥派別、或個人心證，而有諸多各種花樣百出的學術爭議！例如國內學者畢恆達在＜當學術研究為偏見服務：產製反同論文的各個環節出了什麼差錯？＞一文中，就直接指出某一本碩士論文的研究者，藉由研究執行過程（從研究設計、方法與統計、論文寫作與文獻引用等）中曲解與濫用理論的適切度，而讓學術成為替研究者主觀偏見擦脂抹粉，替既得利益者維繫權力、製造壓迫與歧視的工具。
