昨（25）日立法院經濟委員會討論《工廠管理輔導法》施行現況，其中變更農業用地讓「非法工廠就地合法」，引得行政院農業委員會主委陳保基大呼無奈，也引起外界許多議論；對此，經濟部今（26）日急發新聞稿消毒，表示未登記工廠為「有條件輔導」，絕非無條件就地合法。
立委質疑，許多非法工廠所在田地為規劃為「特定農業區」的良田，經濟部的輔導法規要先將「特定農業區」轉為「一般農業區」，再由工廠提出申請，將區內土地變更為可蓋工廠的「丁種建築用地」，顯然大開非法工廠就地合法之門。
對此，經濟部今日表示，《工廠管理輔導法》第33條劃定特定地區的規定，未登記工廠群落須依「特定地區劃定處理原則」考量面積、區位條件、產業發展必要性等條件，且經內政部、農委會、環保署與地方政府等有關單位審查同意，才能在法定輔導期限至2020年6月2日前，不適用區域計畫法、都市計畫法及建築法等罰則，暫時免除處罰，預期後工廠臨時登記將失效，並非就地合法。
此外，經濟部也表示，112處位於特定農業區的土地，須經農委會及內政部區域計畫委員會的把關及實質審查，才能調整為「一般農業區」，絕非地方政府送件就可以變更，而一般農業區要轉變為丁種建築用地須補辦臨時工廠登記，則須符合環保、消防、水保等條件，並不影響周邊生產環境、繳交農地變更回饋金者，才有機會申請變更。
經濟部也於新聞稿中也指出，《工廠管理輔導法》增訂第34條放寬補辦工廠登記權宜條款，原定至法定輔導期2017年於6月2日得以免除罰則，但在朝野立委提議延長工廠登記期限後，2014年立院三讀通過修法，將輔導期限延長3年至2020年6月，歸咎立委的意味明顯。
