馬英九總統的國安團隊重要成員健康頻頻出狀況，前國安會秘書長金溥聰因健康因素在2月6日請辭獲准後，國家安全局長李翔宙也被診斷出罹患口腔癌第三期，6月初在台北榮總手術開刀將癌細胞切除後，李翔宙身體恢復良好，由於李翔宙在手術後，僅在榮總住了3天，就回辦公室批公文上班，外界知道李翔宙身體出狀況的人不多，但醫生建議李還是要多休息進行化療醫治，李翔宙在馬總統進行「久揚專案」出訪友邦前就請辭，到馬總統返國後批准，由國安局曾任駐美特派員、前國安局副局長楊國強接任國安局長職務。
據指出，馬總統選擇這個時間點更換國安局長，主要是國安局負責年底總統大選各政黨總統候選人安全的統籌單位，但接下來的工作只會愈來愈繁重，若李翔宙的身體在總統大選期間撐不住而躺下，那將會造成引爆總統大選的另個話題，因此在醫生的建議下，李翔宙向馬總統報告考量總統大選的因素下，馬總統在出訪友邦後，批准這個人事案。
知情人士指出，李翔宙是在1月初在三總進行植牙時，三總醫生就發現李翔宙口腔內有異狀，因為李翔宙平時不抽煙不喝酒，對身體狀況也相當重視，也不已為意；因特勤中心3月底發生郭姓教官被誤傷，由三總轉到榮總持續治療，李翔宙幾乎每天到到院探視，同時在醫生的建議下，就在榮總進行檢查。
結果被診斷出是口腔癌第三期，這個醫療診斷讓李翔宙相當吃驚；李翔宙在六月初前往台北榮總進行切除治療，由於李翔宙身體恢復的狀況良好，而且只在醫院住了3天，就回到辦公室批公文上班，外界都不知道李翔宙身體出狀況。但進行後續的化療後，出現掉髮現象，讓馬總統不得不進行人事上的更換
當媒體與國會在6月中旬向國安局查詢時，都以「無中生有、是惡毒的中傷」來回應，最後只以因腹瀉在醫院住了3天，不讓外界知悉李翔宙身體真的出了大問題。由於國安局身負年底總統大選各政黨總統候選人安全的重責大任，李翔宙身體狀況確實讓馬總統相當的關心。
李翔宙是在2014年5月5日由國防部軍備副部長升任國安局長，李在馬總統與當時國安會秘書長金溥聰的力挺下，渡過了洪仲丘命案的風暴而未被撤換，一路從陸軍司令調國防部軍備副部長，在不到4個月就升任國安局長，而且陪同金溥聰巡視調查局、海巡署與警政署等情治機關，雖遭外界批評，也顯示李翔宙獲得馬總統的信任與重用。
李翔宙上任後先調整高階人事，隨即著手情治組織變革，在2014年9月成立「情報聯合應變中心」（安全作業中心），將各情治單位所蒐獲情資透過中心立即運用，打破以往單線領導，情資私有化，打破情資私有化弊病。2015年再成立第7處的網域安全處，該處由先由資訊室副主任以副處長暫代後，再於6月16日真除為首任的網域安全處長。
據指出，就是要成立新單位再加上全力去瞭解目前的網路世界的趨勢，因此這次李翔宙意外被診斷出口腔癌第三期，的確讓許多人感到意外，甚至有人認為是否因工作上壓力太大所導致。
