課綱抗爭持續進行，綠營四直轄市首長6日上午在行政院會中聯合提案，希望行政院重新確認101課綱有效性，並負責支應新舊課綱並行方案所衍生的經費問題。台南市長賴清德會後受訪時表示，行政院長毛治國向他確認，將由教育部負責解決經費問題。然而行政院發言人孫立群說，毛治國僅表示「由教育部儘速評估狀況，妥慎處理」，並未承諾由教育部負擔經費。
高、桃、中、南四個綠營執政直轄市，6日上午由高雄市長陳菊領軍，在行政院會聯合提案，依朝野協商共識提出3項訴求；其中關於中央定調改採新舊課綱並行之後，可能衍生相關經費問題，希望由行政院統一支應。
賴清德在行政院會後受訪表示，在第一次選書時，教師因為考試綁課綱，放棄原本想選擇的舊課綱而不得不選擇新課綱，現在行政院和教育部已同意新舊課綱並行，若經費不鬆綁，「自由選書」一說可能形同虛設，衍生出「經費綁課綱」，讓老師再一次無法自由選書。
賴清德說，因此4直轄市首長要求行政院，針對因為選擇不同課綱而衍生出新的經費問題，行政院應該要解決，才有辦法達到尊重教師自由選擇的目標，得到毛治國的「正面回應」，在裁示中表示衍生出的經費請教育部進行了解，必須妥善處理。
至於何謂「正面回應」，陳菊表示，就他們所聽到，是加印教科書的經費由中央或教育部來支應。賴清德進一步還原他在院會後與毛治國的對話指出，他直接向毛治國確認，在裁示中所說「妥善處理」是什麼意思？「是不是教育部要負責解決？毛院長跟我說『是，沒有錯，他的意思是這樣子。』」
賴清德又表示，會後他也向教育部長吳思華再次確認，教育部在院會報告中所說，教育部原本只負擔選擇新課綱時的補充教材費用，並未提及要負擔新選舊或舊選新所衍生出的經費，「和毛院長的裁示不同」。賴清德說，「吳思華他說他知道」，會向教科書廠商了解，「若仍有衍生的經費，教育部會負責解決。」
然而政院與教育部說法，和賴清德的轉述並不一致。在院會後記者會上，媒體兩度問及此事，孫立群卻在記者轉述賴清德說法時一再打斷記者陳述，僅強調毛治國只承諾「至於各校若因教師自主選書結果，是否造成必須給予學校補助經費，亦請教育部儘速評估狀況，妥慎處理。」
記者會後，孫立群向媒體表示，經過向毛治國本人查證，毛治國在與賴清德的談話中只表示會請教育部妥善處理，並未承諾支應經費。
而教育部次長林騰蛟則說明，無論選擇哪一種課綱，學生只買一份課本的支出是不變的，買書費用當然由學生支出，學生的負擔不會受到影響；所謂經費問題係指出版商和學校間採購合約，是否因改選不同教科書而涉及違約金等問題。
林騰蛟表示，教育部將了解各學校是否重新選書，並研議因為契約及學校換書可能衍生的經費，進一步了解後，再研議是否給予協助。
