後來因日軍大舉增兵包圍，遠征軍不得已撤退時，孫立人沒聽蔣介石與杜聿明的命令經由野人山撤退，而是接受美國史迪威將軍建議，向西撤退到印度。孫立人始終讓部隊先行，他則殿後，最後完全保住全師士官兵的生命與裝備，因為孫立人知道野人山叢林茂密，毒蛇猛獸很多，十分危險。反觀當時經由野人山叢林撤退的杜聿明部隊，絕大部分丟盔棄甲，喪命在野人山中，包括一位戰功彪炳的戴安瀾將軍。蔣介石與杜聿明可說是難辭其咎，畢竟到緬甸作戰的部隊，是當年響應國府「十萬青年十萬軍」的全國知識青年所組成的菁英部隊。
以上兩次抗命，孫立人雖然立下大功，但是蔣某人卻很不高興，因為蔣某人寧可部下不會打戰，但不喜歡他們不聽話，所以儘管杜聿明穿越野人山時，丟盔卸甲，死傷無數，還是給予升官，然而對有數次偉大戰功的孫立人，卻不給予獎賞。
其實蔣某人屬下將領不是殘暴之徒，就是糊塗蛋居多，對日抗戰有很多將領陽奉陰違，以致只能一再「轉進」，無力反攻，無法讓美國空軍利用中國近海城市當基地轟炸日本，美國不得已只好與蘇聯簽訂雅爾達密約，請求蘇聯及早出兵東北，以減輕其太平洋戰爭的壓力。
1943年，在印度藍姆伽整訓一年，軍力大增，孫立人以新一軍軍長身份反攻緬北，對上有「叢林之王」之稱的日軍十八師團，採取迂迴戰術，經常跑到第一線指導基層士官兵如何克敵制勝，讓官兵們感動莫名，全力殺敵，總共殲敵三萬二千多人，震驚世界，也打通了滇緬公路，讓國府重獲英美軍援。據說當時他們也「禮尚往來」活埋數百名曾經參與南京大屠殺的日軍，為當時中國受害三十萬軍民報了一箭之仇，但被新一軍發言人所否認。
1945年8月15日，因為美國原子彈的轟炸與蘇聯參戰，日本不得已只好投降，國府與中共開始分享勝利。不久，東北被中共佔領，前往接收的國軍節節敗退，只因蔣某人嫡系將領無能，蔣某人不得已，只好急電在美國訪問的孫立人回國，並派他前往東北抗敵，孫立人只花3天就攻克戰略要地四平街，令共軍膽寒，望風而逃。當時共軍司令林彪曾說：「只怕孫立人的新一軍，不怕國民黨中央百萬兵」。最後遺憾受長官杜某人猜忌與排擠，孫將軍被蔣某人換下後，改調到台灣鳳山訓練新軍，東北與整個中國大陸也因此淪陷。蔣介石昏庸無能，不會用人，只聽信小人之言，難怪兵敗如山倒，如同1937年底的南京事件，否則日軍那麼強，他都能打敗他們，何況中共？
1949年初，中共正渡過長江，國腐敗象已無可挽回。盟軍統帥麥克阿瑟派專機請孫立人前往日本面談，麥克阿瑟暗示孫立人說：「我們不能讓台灣這艘『不沉的航空母艦』落到共產黨的手裡，所以有意請閣下負責鞏固台灣，而由我們美國全力支持。」 孫立人嚴詞拒絕，令麥帥內心暗自佩服，卻也為他感到可惜。如果當時孫立人答應，日後台灣就絕不會發生白色恐怖，他自已也不會被軟禁長達33年，台灣也可能早已成為獨立的自由與民主國家，成為東方的瑞士或以色列。遺憾的是，他重蹈南宋岳飛的愚忠，讓自己後半生蒙冤莫白，也連累一些忠貞部屬被殺或被關，如以上的李鴻與郭廷亮。
