台灣舉重女將林子琦，被世界反禁藥組織WADA（World Anti-Doping Agency）檢驗出身體數值異常，台灣奧運代表團處以「暫時性停賽處份」，若結果確定為服用禁藥，最重恐被禁賽4年。台灣奧會10日會送交書面報告給林子琦，如果她有異議，必須在1日之內提出申覆。人在里約的體育署長何卓飛對此感到遺憾，台灣代表團總領隊陳士魁沉重道歉，「代表團發生的事總領隊概括承受」。
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— FRANCE 24 (@FRANCE24) 2014年9月23日
團本部在里約時間8月5日收到WADA的報告，台灣時間8月9日晚間提出暫時性停賽。陳士魁表示，本次檢驗是國內例行性的抽驗，三個月前奧會將檢體依規定送交WADA檢核，7月17日檢驗結果雖為陰性，但林子琦的生物數值異常，在經過同位素質譜儀（IRMS）檢測後，WADA再度通知我國奧會，林子琦藥檢未過，將暫時停賽。
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— The Straits Times (@STcom) 2014年9月23日
陳士魁強調，國內皆用最高標準檢測禁藥，為了兼顧賽事公平及選手權益，決定對林子琦做出暫時性停賽，並讓大家了解，對禁藥沒有任何妥協空間。
在爆出禁藥風波前，林子琦被預測為奪牌選手之一，不過她因成績突出，加上曾在2010年廣州亞運發生誤食禁藥事件，遭到禁賽2年，被WADA列為重點觀察對象。根據WADA在2015年公布的最新規定，禁藥累犯禁賽最重刑期可長達4年，若她能提出有利證據並說服委員，就能縮短刑期。
本屆奧運因俄羅斯代表隊禁藥風波，一直擺脫不了禁藥陰霾。何卓飛說，不管是許淑淨、郭婞淳、林子琦，這3位舉重女將因為過去成績突出，都會被列為重點觀察對象。他也表示，本屆奧運對於禁藥採取更嚴格的標準，未來還要強化選手對於禁藥的教育。
至於林子琦所服食禁藥究竟為何，國家奧會秘書長沈依婷因醫療隱私緣故，不公開成分。陳士魁則表示過去曾有選手誤食中藥或其他食材，造成禁藥檢測呈陽性，未來對選手及教練都要再多宣導。
依規定，林子琦返台後奧會將召開席禁藥管制委員會議，請她出席說明，沈依婷表示，若林子琦對禁藥檢查結果有疑慮，也能主動提出要檢測尿液B瓶的要求。
我國過去因服用禁藥導致禁賽的案例，最大宗發生在雪梨奧運前，共3人遭禁賽。2006年杜哈亞運前，中華舉重隊再度出現選手飛行藥檢未過的事件，但當時並未公佈藥檢異常的選手姓名。曾在2002年釜山亞運拿下銅牌的楊景翊，在2015年舉重世錦賽前的藥檢呈現陽性反應，被處以禁賽，又再次掀起禁藥風波。
