《綠島》以二二八開篇，以薩斯危機結束，堪稱一部波瀾壯闊的台灣當代史。楊小娜說，在美國，很長一段時間裡，有關台灣的敘事就是「我們的朋友蔣介石起到了一道反共防線的作用」。台灣歷史中許多的紛紛擾擾都被略去了——實際上，蔣介石從來不是美國的朋友，他只是自己的朋友。《綠島》對於美國作者來說是一本啟蒙之書，對中國讀者來說更是如此——中國的民主派知識分子盛讚蔣經國是台灣民主之父，卻根本不知道二二八、白色恐怖、殷海光、彭明敏、林義雄和鄭南榕的故事。台灣作為亞洲民主的燈塔，不是蔣家和國民黨的恩賜，而是台灣人用鮮血與生命澆築而成。
從綠島歸來的父親，已經「壞掉了」
「我的母親麗敏的陣痛，從在天馬茶房前的寡婦被襲擊開始。」敘述者「我」，是蔡醫師的么女，在局勢大亂之際誕生，沒有等到產婆接生，由父親剪斷臍帶，親自將她捧進這個世界。然而，父親因鼓吹民主，被國民黨情治人員破門而入帶走，生死不明。
父親在孩子們成長的過程中缺席了。直至十一年後，父親終於歸來，卻不是李敖炫耀的那種如同鮮花綻放般的榮耀的歸來。那個場景讓人心酸落淚——「阿敏。」男人說，這個名字從他嘴裡吐出來，聽起來像是破掉的盤子，尖銳的碎片仿佛狠狠割傷他的喉嚨。而母親皺眉厲聲問道：「你是誰？」男人求情似的重複著母親的名字。「走，」母親說，「你走。」男人又說：「是我。」「那你證明啊，她叫什麼名字？」母親指著幺女問道。然而，父親被抓走的時候，還來不及給女兒命名，此刻，他哪裡說得出女兒的名字來？在整本書中，作為女主人公的幺女的名字始終沒有出現過，沒有名字，是不是也是一種李登輝所說的「作為台灣人的悲哀」呢？
父親被捕之後，曾遭到慘絕人寰的刑求，士兵用鐵絲穿過他的手掌心，將他與其他兩名被捕的教授像畜生一樣串在一起，「那種痛楚以焦灼的熱氣搏動著，讓他不禁扭動背部。他每一抽搐，其他人就發出抗議聲——每個哆嗦都沿著鐵絲迴蕩下去」。父親靠著醫生的技能幫助軍官治療痛風病，得以倖免於難，其他兩名教授已成為搶下亡魂。之後，他被關押在綠島的生活，反倒如同索忍尼辛所說的「地獄的第一層」。
十一年後，父親回來了，卻失魂落魄、精神萎頓。他不能忍受二兒子養鳥，因為看到籠中鳥就聯想到自己的牢獄之災，偷偷將鳥全都放飛了。他與從軍的大兒子以及作為外省人和空軍飛行員的大女婿發生激烈衝突——「他壞掉了。」大兒子忿忿地說。父親讓女兒陪他去找當年因告密而受難的獄友道歉，對方卻冷冷地對他說：「你心裡的擔子，你自己去擔。請不要來找我，我對你無話可說。」原諒與寬恕從來就是奢侈的品格。戲曲故事中的大團圓從來沒有在現實生活中出現過。
