2001年九一一恐怖攻擊事件爆發，阿富汗再度成為地緣政治焦點，巴國被美國強行拉進「反恐戰爭」陣營，汗恩的核武技術跨國交易、走私網絡也逐漸曝光，巴國軍事強人總統穆夏拉夫（Pervez Musharraf）被迫開始與時任政府科學顧問的汗恩畫清界線。
爭議持續延燒，罪證持續揭露。2004年初，汗恩離開公職，坦承自己經營的跨國網絡從1989年開始與伊朗往來，賣藍圖也賣零組件，1991年生意擴展至北韓與利比亞。但是汗恩的民間聲望居高不下，穆夏拉夫政府雖然將責任一古腦推到他頭上，也只敢將他軟禁在家，5年後解除。
伊朗是全世界承受（美國）制裁最嚴厲的國家，利比亞前獨裁者格達費（Muammar al-Qaddafi）在2003年放棄核武計畫，換取與歐美改善關係，但汗恩的「海外事業」在北韓大獲成功。
據《熔毀：北韓核武危機內幕》（Meltdown: The Inside Story of the North Korean Nuclear Crisis）一書作者齊邁可（Mike Chinoy）等人的研究，1993年12月巴國總理布托（Benazir Bhutto）訪問平壤，與北韓最高領導人金日成敲定飛彈技術與零組件（甚至整枚飛彈）買賣。幾年後巴國財政困窘，買賣難以為繼，汗恩再度發揮關鍵作用，至少13度進出平壤，為金氏政權送上濃縮鈾技術與零組件，換取北韓繼續供應飛彈技術。1998年5月28日，一個由20名北韓軍工專家組成的代表團來到巴國東南部的查蓋丘陵（Chagai Hills），親眼見證巴國試爆第一枚核彈。
美國中央情報局（CIA）前局長譚納（George Tenet）在《風暴中心》（At the Center of the Storm）一書中寫道：「我們發現汗恩秘密網絡的勢力範圍，從巴基斯坦擴展到歐洲、中東與亞洲。我們拼湊出一幅包括組織、分支機構、科學家、門面公司、代理人、財務運作 與生產工廠的圖像。我們的情報人員獲取一系列大膽行動的情資。」這樣的結果看似魔高一尺、道高一丈，只可惜為時已晚。2006年10月9日，北韓試爆第一枚核彈。
汗恩算是個奇才，打造出史上最龐大、最先進、最複雜的核武擴散（走私）網絡，晚年雖然在國際社會上聲名狼藉，在國內仍然地位崇高，過著奢華的生活，無數學校、醫院與街道以他為名。除了「核武之父」，汗恩對巴基斯坦還有另一項特殊的貢獻，2008年他接受媒體訪問時說：「我曾經兩次拯救巴基斯坦。第一次，我讓它成為一個核武國家；第二次，我認罪並且一肩扛起所有責任。」
