非營業基金，更大一個潛在財務缺口，則是因應2025非核家園的「核能發電後端營運基金」，儘管台電核能發電量每度提撥0.17元，進入該基金專款專用，但在馬政府時代，該基金貸款台電金額高達1801.86億元，由於台電目前仍有高達700億元累計虧損待彌補，未來廢核所需核廢料處理成本，如何能不反映到電價成本，恐將成為重大挑戰。
「基金不會有用罄問題」 能源局澄清：業務面越來越廣，才用到過去結餘款
能源局官員表示，目前能源局下轄3個特別收入基金，除了再生能源發展基金，係將再生能源躉購成本，反映到電價公式，基本上不會有基金用罄的問題外，能源研究發展基金與石油基金目前均已按照千分之5法定上限費率，向綜合電業與煉油業者徵收。
該官員表示，由於上述基金的業務面愈來愈廣，包括電動車等節能補助等等，因此這幾年持續用到過去的結餘款，未來除非修法調高法定徵收費率，否則基金用罄後，相關的研究補助，就得改以公務預算支應。
質疑能源、空污基金必要性 學者批為部會「小金庫」，管委會頻見酬庸
不過，學界對於能源與空污相關非營業基金，設立的必要性仍有相當質疑，中華經濟研究院能源與環境研究中心研究員王京明批評，非營業基金的設置，無非是公務人員為了施政「彈性」，透過基金的獎補助的「審查」機制，排除《預算法》與《政府採購法》相關限制，簡單說，相關基金的設置仍不脫部會「小金庫」性質，基金管理委員會的組成，也不乏酬庸性質，非營業基金的氾濫，某種程度上可以說是「藍綠共業」。
「事實上，每一個非營業基金所訂定的績效指標（KPI），都是以年度計畫執行比率作為評量依據，相關獎補助『執行完畢就是有效率！』，這樣的績效指標，客觀公正性在哪裡？」
稱綠能躉購全世界皆由電價反映 王京名：哪需要基金再轉一手？
王京明批評，全世界綠能躉購制度（FIT），都是直接規範綜合電業的綠能採購比率，再由綜合電業將綠能採購成本，反映到電價上，但是，唯獨台灣另外創設一個再生能源發展基金，經手綠能躉購，「綠能躉購，哪需要基金再轉一手？」
「全世界的電力市場都走向自由化，台灣在《電業法》修正案，又增加了『電價穩定基金』，基金設立後，又多了幾百億元進帳」，王京明質疑，台灣的電價，有需要透過電價穩定基金「穩定」嗎？
