《促進轉型正義條例》去年底三讀通過後，行政院將提名前監委黃煌雄出任促轉會主委（經立法院同意），以黃煌雄過去監委任內秉公心獨立行使職權的紀錄，這個人事案值得肯定。但是，就像不當黨產條例的違憲爭議，促轉條例也有相同的問題，黃煌雄能否憑著一人之力，帶領其他委員，在法定的兩年期限（依法可申請延長一年，無落日期限）完成任務後解編，不無疑問。
促轉會是頂樓加蓋的違章建築
促轉會到底有什麼問題呢？從組織法制而言，已有論者言簡意賅以「頂樓加蓋的違章建築」形容，首先，促轉會既是「二級獨立機關」，却明定不受《中央行政機關組織基準法》和《行政院組織法》限制，本身就是法制的矛盾。
其次，促轉條例明定促轉會屬任務編組，兩年內向行政院提出報告，任務完成後解散，任務未完成得報請行政院長延長，每次以一年為限，還沒有落日，簡單講，這是個兩年任務一年一聘的工作，却又留下可以綿綿無絕期的尾巴，把任務編組搞成常設機關，而主委、委員也享受常設機關的職等（主委特任官，副主委比照簡十四職等，委員比照簡十三職等），這個「官制」完全超越現行官制官規，實屬空前絕後。
其三，就其編組的法定任務來看，不論是開放政治檔案、消除威權象徵、保存不義、乃至處理不當黨產等，都是現行機關可以處理的，包括二二八紀念、國家檔案管理局、乃至蔡政府新設之不當黨產委員會，而且，所有工作持續進行中。
舉例而言，僅以消除威權象徵這一件事，文化部反反覆覆討論中正紀念堂如何處理；各地「中正」為名的街路名稱，要改不改是內政部和各地方政府的權責；以「中正」為名的國立學校，更不更名權在教育部；就像新台幣要不要改版取消蔣介石或孫中山頭像，屬央行職權，促轉會若以轉型正義之名說三道四，豈不是把「二級獨立機關」做成「太上機關」？
促轉會是超越司法的行政獨大存在
最重要的，促轉會的權力已經到達空前、甚至跨越司法調查權的地步，諸如：「派員前往有關機關（構）、團體、事業或個人之辦公處所、事務所、營業所或其他場所為必要之調查或勘驗」（第十四條第三款），這不幾近「搜索」？「得於必要時得臨時封存有關資料或證物，或攜去、留置其全部或一部」，這不是形同「扣押證物」，而且，若封存屬中央或地方機關證物資料者，雖然明定需主管長官同意，但又有排除條款，明定除非明確妨害國家利益且在七日內取得法院裁定假處分外，「不得拒絕」（第十五條）！促轉會搜索扣押不必經法院同意，拒絕被扣押反倒要限期取得法院裁定，這又是什麼道理？
