李遠哲以分子束研究化學反應的動力機制，得到諾貝爾獎，擁有別人少有的國際活動經驗和發言機會。可是1999年「兩國論」出現後，李遠哲和大陸的來往也陷於尷尬。1999年北大百年校慶，李遠哲、沈君山都去了，可是對方只想請「尊敬的李遠哲教授」演講，而不願出現「中央研究院院長」職銜。當時周光召向他抱怨，李遠哲回應說，若中方如此堅持，那他回台灣後可以建議把中央研究院改名為台灣研究院。隔天，周光召反過來說「這千萬使不得。」
2000年，台灣政黨輪替，李遠哲受命籌組「兩岸跨黨派小組」，提出「三個認知、四個建議」。主張台灣現狀改變需要以民主程序得到人民同意，以中華民國憲法來回應對岸「一個中國」。可是國民黨不願背書，陳水扁也未真心對待。「國家統一委員會」也形同放入冷凍庫，兩岸關係嚴峻化。大陸方面對李遠哲這位「老朋友」，也有了不同以前的對待。
2002年6月，北京清華為楊振寧的八十大壽舉辦「前沿科學國際研討會」，有14位諾貝爾獎得主參加。李遠哲了解，以當時的兩岸氛圍，沒有江澤民的拍板，他是不可能成行的。可是李遠哲到了北京才發現，原先說好由他主持的討論活動變調了，公開的活動資料，李遠哲的名字不見了，他也隱約感覺到中共不同派系之間的角力。李遠哲想取道上海返台，也未得同意，只好比預定時程提早離開北京。2002起，李遠哲三度代表台灣領袖出席APEC年會，見面的對象由江澤民換到胡錦濤，姿態較柔軟，但兩岸之間在此國際場合未有任何突破。李遠哲和中國科學界的舊日情誼，也進入一種近乎封存的狀態，彼此之間都不好再提起。
「行政院」與「那個人」
沈君山在《浮生後記》說，1972年保釣時期，他去芝加哥找林孝信，林孝信建議他可以和當時在芝加哥大學漸有名氣的李遠哲談一談。沈君山於是去了李遠哲的實驗室，長談之後，李遠哲說：「一個人的時間、精力有限，我現在努力做研究，本業做好後，不會忘記台灣的。」
1980年代，許多台灣早期留美的人，在學術界和科技產業界都有了相當的成就，往來於美、台、中、港之間，希望對台灣的科技產業以及中國大陸的改革開放有助益，田長霖、李遠哲、沈君山，都可以說是其中代表性的人物。
2007年，筆者在中研院請問李遠哲：今年初在一場座談會上，加州大學柏克萊分校的校長Robert Birgeneau，當面向您說，他常向柏克萊的學生引述您流傳在校園的一段名言：『當年我到柏克萊做研究生，跟世界最好的師資陣容學習；後來我回到柏克萊做教授，因為這裏有世界上最優秀的研究生。』您是在什麼狀況下，說這一句話的？」
