肌肉過度鬆弛
苯二氮平類藥物會壓抑脊髓的神經，讓肌肉放鬆，用通俗的話來講，就是：不只腦子睡覺，連肌肉也睡著了。一旦腦子醒了，肌肉卻貪睡，那人們就會覺得全身軟綿綿的，一點力氣也沒有，沒辦法工作。
這對於長期肌肉過度緊繃的人來講，也許不是壞事。但對於老年人，可能就會讓他在起床時不小心跌倒，萬一摔傷了頭部，問題就大了。
記憶力受影響
有些人，在服用安眠藥後沒有立刻睡著，還能繼續做事、與人交談，過了一陣子才睡著。第二天起床後，對於做過的事全都忘了。這種暫時性的失憶，比較容易發生於強效的安眠藥，不管是苯二氮平類藥物或非苯二氮平類藥物，都有可能。理論上，後者只作用在Omega－1接受器，影響會比較小，不過，研究顯示：長期服用之後，結果都差不多。不管怎樣，這只是暫時性的，不會因此影響記憶力，在停藥之後，都會慢慢的恢復。雖然也有期刊認為沒有辦法完全恢復，但是目前還沒有辦法排除：究竟是壓力造成的（壓力本身往往就是造成使用安眠藥的主因）？還是安眠藥本身引起的？
失控行為與夢遊
人生在世，總有些不如意之事深藏在心底，但安眠藥會減弱心理壓抑的力量，結果就是導致內心壓抑的憤怒與情緒盡情發洩出來。有些人在服用之後，會生氣、激動起來；有些人會無意識地四處行走，拿東西、搬東西，甚至到外面購物，嚴重的還會做出一些不合宜的行為，諸如：當眾脫衣服、罵老闆、醉後吐真言等等。事後則完全不記得這段經過。
基本上，越短效的藥物越容易有這樣的副作用，其中，使蒂諾斯（Zolpidem）是最惡名昭彰的一種，但並沒有足夠的證據顯示，它的副作用比其他的安眠藥來得嚴重。
呼吸抑制
當患者有某些呼吸系統或神經系統的疾病時，使用苯二氮平類安眠藥可能造成呼吸抑制。當苯二氮平類藥物與酒精一起使用時，此作用也會跟著增強，嚴重時，會有生命的危險。不過，只要不是喝到爛醉如泥，通常還不至於造成呼吸抑制。
過敏
少數患者的體質特殊，還會對安眠藥過敏，不管是哪一種藥物，都有可能造成過敏現象。
性功能受影響
有報告顯示：苯二氮平類藥物在極少數情況下，會造成性功能障礙。三環抗鬱劑也可能引起陽萎、性慾減退等現象。至於Trazodone，則可能延長男性勃起時間，但都是可逆的，不會造成器官損壞，或者永久性的障礙，這跟酒精的作用不一樣──長期使用酒精可能造成性功能永久性的障礙。
胃腸道不適
Zolpidem或Zopiclone（兩者都是非苯二氮平類藥物之一），都有可能造成暈眩、噁心、嘔吐與腹瀉的副作用，但發生機率不高。而三環抗鬱劑（副效型安眠藥之一）也可能造成相似的問題。
