1. 甲溝炎：
灰指甲容易因為傷口感染而併發甲溝發炎，甲溝炎即指甲兩側指甲肉疼痛、紅腫、發炎，甚至肉芽組織增生。一旦變成甲溝炎，就需要治療。
2. 凍甲、捲甲：
灰指甲併發症還有凍甲(捲甲)，趾甲增厚捲起來，甚至趾甲小甲片會刺進趾甲肉中，穿鞋走路會疼痛。若因處理不當，造成小傷口讓細菌趁虛而入，會產生蜂窩性組織炎。
灰指甲治療4大重點
灰指甲的傳統治療主要有四大重點：即吃藥、擦藥、剪掉，並合併雷射治療；但是，灰指甲有一個常見的問題，即灰指甲久了，指甲會變厚、變捲，所以有一部份蠻高比例的灰指甲患者來求診，是因為會疼痛，為什麼灰指甲會造成疼痛呢？因為當指甲會變厚、變捲的時候，指甲會嵌在皮膚肉肉裡，台語叫做「凍甲」，台語的「凍」即有嵌入的意思，中文叫做「嵌甲」，即指甲因為弧度變捲而嵌在肉肉裡，而有此名稱。「凍甲」若因處理不當，造成小傷口讓細菌趁虛而入，會產生甲溝炎或蜂窩性組織炎。
當灰指甲又合併有「嵌甲」時，在治療上就會比較麻煩，因為要同時處理這兩種問題。「嵌甲」的治療要看嚴重度，再給予適當的治療方式，有一部份的人需要進行手術。手術時會把捲進肉肉裡的指甲剪掉，而剪掉後同時要破壞生長板，其實就是甲床的整形重建手術，並不是一般的把指甲全部拔掉，因為如果把指甲全部拔掉，這樣會增加指甲變形的風險，而且復發率會高達7成。
第二個比較新的手術方式是「指甲矯正」，其實指甲與牙齒一樣，是可以做矯正的。而矯正方式很特別，是在捲捲的指甲下方鉤一個鐵絲，並且拉提指甲，這樣指甲就可以從小山丘慢慢拉平了，指甲變平就不會再插入皮膚的肉肉裡，造成疼痛了。
破解灰指甲7大迷思
迷思一／厚厚灰灰就是灰指甲嗎？
Ｎo！很多是因為穿鞋或是腳型態差異造成的，並不是真正有灰指甲。像是有的人罹患「希臘人的腳」，由於第二個腳趾頭特別長，穿鞋子時容易壓到大拇趾，使得大拇趾內側出現甲床分離或變黃。
迷思二／灰指甲的指甲顏色都是灰色的嗎？
也可以是白色、黑色，甚至綠色
迷思三／灰指甲只是影響外觀，不治療沒關係？
小心不治療，之後可能會造成凍甲，甲溝炎，甚至是蜂窩性組織炎，在治療上變得比較困難。
迷思四／拔掉、剪去壞的指甲，就能避免灰指甲蔓延？
即使拔掉指甲也無法根除灰指甲，因為黴菌仍然存在。如果隨意拔指甲，小心破壞生長板，反而會有捲申與指甲變形情況。只能說可以增加治療成功率，但是還是要合併藥物使用。注意如同十大酷刑拔指甲，是不必要的。可以剪除有問題指甲。
