肯亞案引發兩岸司法主權爭議，法務部國際及兩岸司長陳文琪20日率團赴中交涉協商，21日成功透過視訊方式看到45位台嫌，並取得中方所掌握的犯罪資料。陳文琪22日下午自北京返台時表示，已與陸方在「共同偵查」上有基礎共識，目前案情仍在蒐證階段。
陳文琪說，雙方在積極協商後，已有共同偵查的共識，目前大陸境內也正持續進行蒐證，必要時會派我方代表前往取證。針對往後面對類似的跨境犯罪，陳文琪說，也會繼續通過協商的方式，討論出一套合理的解決管道。
被問及台灣嫌疑人何時會能遣台？陳文琪回覆，在完成蒐證後，會再針對追訴的問題做協商。 （相關報導： 肯亞案》法務部：中方同意合作偵辦 台人家屬可探視 ｜ 更多文章 ）
另外，民進黨立委王定宇日前爆料，指打電話通報中方前往菲律賓逮捕台籍通緝犯的就是陳文琪，陳文琪對此鄭重否認，「絕無此事、絕無此事。」
