由獨派團體組成的「台灣正名行動小組」在世大運開幕當天，在會場外發給民眾台灣國國旗，卻有拿著旗幟的志工被告知，不得帶「政治性旗幟」進場，而這些旗幟也被扔進垃圾桶。台灣聯合國協進會理事長蔡明憲今（29）日表示，台灣國家聯盟總召吳樹民就此向總統府高層表達不滿，獲得總統府承諾，30日閉幕典禮時，民眾可持台灣國國旗入場，不會被沒收。
蔡明憲在「東京奧運台灣正名小組」台日交流座談會後指出，吳樹民對總統府高層表達不滿後，府方高層在下午回電給吳樹民並對他說，總統府同意，閉幕式會讓民眾持國旗以及台灣國國旗入場，不會沒收。
對於蔡明憲的說法，總統府有不同的說明。總統府發言人林鶴明說，吳樹民先致電吳釗燮，談到有關「世大運場館時能否攜入特定旗幟的問題」，吳釗燮向他表示，這屬於主辦單位台北市政府的權責，他會將意見轉達給市府。林鶴明說，民眾進出場館應以主辦單位的規範為主，總統府不會也不能取代主辦單位決定。
