國民黨立委柯志恩今（25）日在個人臉書發文：「請問賴院長：要不要讓吳部長下台？」，內容指出教育部長吳茂昆曾於2005年（時任國科會主委）赴中國參加會議，但依當時法令，政務官不能參加大陸機關所舉辦的非國際組織會議或活動。
柯志恩表示，依照當時的『台灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法』第九條：「臺灣地區公務員，經所屬機關 (構) 遴派或同意者，得申請進入大陸地區參加國際會議或活動。前項會議或活動，不包括由大陸地區機關 (構) 單獨舉辦之非國際組織會議或活動」。第十二條：「擔任中央機關行政職務之政務人員及直轄市市長、縣 (市) 長，不適用第八條及第九條規定。但得申請進入大陸地區參加國際組織所舉辦之國際會議或活動」。吳茂昆的行為已經違法。
教育部長吳茂昆昨天在立院教育及文化委員會備詢時表示，2005年他赴大陸參加會議有申請，還要柯志恩去查。柯志恩因此問，若被查到違法，要不要下台負責？雙方爭執不下，吳對此回應，說：「那就看院長要不要我下台」？
柯志恩今天在臉書貼出，吳茂昆2005年向行政院呈報參加於「10月17日至23日」上海及蘇州舉辦的「國際科學理事會」(ICSU) 第28屆大會，以及赴杭州參加「高科技論壇高峰會」。但內文中，政院只同意「10月17日至21日」參加「國際科學理事會」ICSU年會。換言之，並未同意「高科技論壇高峰會」，因為依當時法令，政務官不能參加中國機關所舉辦的非國際組織會議或活動。
柯志恩表示，吳茂昆無視法令和政院的公文，仍私下以美國國家院士身分前往杭州參加論壇，明確違法100%。她並直言：「自認一生沒有做錯事的吳部長，絕對不會自己請辭下台」認為他早已把問題拋給賴清德，因此問賴，捨不捨得讓教育部長下台？還順便問政院發言人徐國勇：「還要再辯護什麼嗎？」
