1938年3月31日，蔣鼎文（時任國府軍事委員會委員長西安行營主任）電告蒙藏會：「新達賴喇嘛行將秘密返藏」之事。蒙藏會隨即於4月26日上呈行政院：「擬請鈞院令飭青海省政府嚴密注意，……嚴防其秘密迎返西藏。」5月1日，行政院電令馬步芳對達賴轉世靈童之事，「嚴密注意、以免意外」。
馬步芳的勒贖和國府的指令，孰先孰後難以確知，但在飽受刁難碰壁後，西藏政府體認到，沒有國府的同意，馬步芳是不會放人的，為了迎回靈童，藏方只能放低姿態。
9月23日，噶廈當局致電國民政府，說明了尋訪靈童的經過，以及未來將如何認定轉世：「依照西藏宗教儀式，所尋選之幼童應聚集西藏，降鸞掣簽，認定真正達賴之轉世，既多靈異後，復經莊嚴之金本巴瓶內典禮拈定。」並請國府協助，將其在青海尋得的靈童送至西藏。
所謂「金瓶掣簽」，是指當靈童不只一位，以致西藏各派系、貴族相持不下時，須由有威望的活佛以降乩、抽籤等方式來決定。到了清乾隆時，更明訂掣簽需用御賜金瓶，且須有駐藏大臣在場認證才行。當時的蒙藏會委員長吳忠信正是掌握到了藏方電文中的「降鸞掣簽」、「金本巴瓶內典禮拈定」兩項重點，並認為「西藏對中央關係，近30年來均甚疏隔，極應乘機予以調整」，於是擬定了「掣簽辦法三項」，呈報後經行政院院會決議，「案關重要，應由蒙藏委員會先與藏方商洽，再行呈院核定。」
此時轉世靈童仍在馬步芳「照管」之下，吳忠信可謂有恃無恐，故在與藏方商洽時，即已設下條件――藏方必須先同意國府人員參與掣簽事宜後，才准予轉世靈童赴藏。他還於12月3日致電馬步芳，就靈童照管一事，請他在行政院核定發布掣簽典禮事宜命令後，「方可放行」。
12月18日，西藏政府來電同意了「掣簽辦法三項」的第三項「國民政府特派蒙藏委員會委員長會同熱振呼圖克圖主持第十四輩達賴喇嘛掣簽事宜，並得由該委員長指派代表就近辦理之。」，並表明希望指派當時的駐藏諮議張威白就近辦理，同時再次請求將青海靈童早日送達西藏。蒙藏會隨即呈報行政院並獲院會通過。12月28日，國府發布命令：「特派蒙藏委員會委員長吳忠信會同熱振呼圖克圖主持第十四輩達賴喇嘛轉世事宜。」本案至此似乎暫告一段落。
因為冬季嚴寒，由青海赴西藏的路途艱險，所以藏方迎接靈童之事，將於翌年開春之後進行。然而，當馬步芳知道西藏政府同意了國府參與達賴轉世事宜後，竟又得寸進尺，1939年3月5日，馬步芳以藏方須支付在當地尋找靈童的費用為名，再次索要30萬大洋，這如晴天霹靂般的獅子大開口，令藏方難以支付。當時傳出噶廈當局向英國求援借款，但似乎也沒有下文。
