台大跨性別學生小妤（化名）事件持續引發社會關注，台大不少學生傳誦，在台大社工系教授馮燕擔任該校學務長期間，曾幫助不少跨性別學生達成轉宿需求。對此馮燕表示，身為社工學者，她本能地想要窮己之力幫助每個學生；但正因擔任過7年學務長，她也深知校方背負的壓力有多大，「有時把一件事導向意識型態之爭，非對個案沒有幫助，還會讓全案解決的難度升高。」
協助但未張揚，馮燕:顧慮其他同學感受
馮燕坦承，她於2005年8月至2012年7月兼任台大學務長期間，確實「暗自」協助了幾名包括男跨女及女跨男的跨性別學生，在檢附申請人家長同意、個人性別認同障礙醫生證明、室友雙方家長同意書等文件前提下，順利轉宿成功。而當時她只是去做，並未對外張揚的原因，一方面是顧慮其他同學的感受，更重要的是她強調的是「解決問題」，故更須講究做事的方法與手段。
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回到小妤案，馮燕強調，因她卸下學務長職務不問世事已有多年，對此案細節並不瞭解，但據她所知，台大高層行政會議要處理的事情非常多，一般並無暇介入個案，此次為何會主動關切並堅持否決小妤的轉宿申請？這背後可能有不為人知的原因或變數，包括她個人在內，不清楚內情的人都不宜妄加評論。
她說，即使她擔任台大學務長期間，確實幫助了數名跨性別學生轉宿成功，但這並不代表個案從此就能形成通則。尤其對於長期承受社會高度關注，甚至絕大多數資源都來自校友、家長的台灣大學來說，其中還有太多不為外人道的壓力要面對，「解決問題不能硬來！」
三總精神醫學部主任：耶魯大學大一新生男女混住，促進兩性了解及尊重
三軍總醫院精神醫學部主任葉啟斌則表示，小妤若非考上大學，按說也差不多到了該服兵役的年齡，但以她具有多年性別認同障礙就醫記錄、醫師診斷證明，即使接到兵召也鐵定會被驗退，理由就是她不適合到軍中與男性過團體生活。對比雖經一再爭取，台大仍讓小妤住在男生宿舍中，足見相關制度有多矛盾與諷刺。
葉啟斌說，撇開跨性別者的議題不談，讓男女學生「混住」，以促進兩性相互瞭解、尊重的機會，已是全球一流大學的共同趨勢。以耶魯大學為例，只要是大一新生，就一定要住在男女生混合樓層的宿舍（雖同房均為同性別學生，但同層樓均有男舍也有女舍），且須共用廁所及盥洗室；為此校方還曾遭幾名回教女學生聯合控告歧視，但歷經10年纏訟，最後法院還是判耶魯大學勝訴。
馮燕:目前最該關心的是小妤的心理狀態
葉啟斌強調，上述案例或許可以帶給台灣社會大眾更多省思與啟發，那就是我們要教會下一代如何與異性正確相處，包括保持適當的自控與距離，是須透過學習與訓練的過程，而非隔離，那種「恐嚇」男、女生牽牽小手就會懷孕的時代早就已經過去了，「而學習包容、尊重跨性別的同學，何嘗不是一種絕佳的機會教育！」
馮燕說，在教育部性平會針對全案調查結束之前，她認為目前最迫切需要關心的還是小妤的心理狀態，校方不能坐視她繼續痛苦地住在男生宿舍中，就算暫時不能轉到女生宿舍，也應在小妤能夠接受的前提下，設法幫助她解決眼前的住宿困境，進而安心學習。