廉政署在2014年接獲松菸護樹聯盟告發，就招標、環評、權利金及樓地板面積等部分指控大巨蛋案涉弊。廉政署4日表示，為確認大巨蛋招標及議約始末，日前已約談曾代表台北市府與遠雄議約的代表人、北市前財政局長李述德。至於前總統馬英九目前不在廉政署立案嫌疑人名單，是否約談將交給台北地檢署衡量。
護樹團體曾在2011年向檢調告發大巨蛋案，檢調雖查出甄審委員名下有290萬元不明現金存入，卻因告發人無法舉證為不法所得而簽結。
2014年5月，趙藤雄因行賄前營建署長葉世文遭到羈押，公民團體再向廉政署告發，廉政署接獲後分「廉查字」案調查。據《自由時報》報導，廉政署立案調查後，為釐清大巨蛋案招標及議約始末，及馬英九在大巨蛋甄審委員選任中所扮演的角色，已約談曾代表北市府與遠雄議約的李述德。
北市府廉政委員會2015年公布大巨蛋案調查報告，並向特偵組與北檢告發，指控馬英九在台北市長任內，透過時任財政局長李述德與遠雄議約，達成零權利金協議，涉嫌圖利遠雄。
特偵組考量馬英九當時為台北市長，非《法院組織法》所規定特偵組職司案件，且北檢與廉政署已分別立案調查，因此將此案移交北檢，北檢現仍列「他字案」，尚未改列「偵字案」。護樹團體6月16日曾赴北檢抗議至今仍無任何約談動作，要求北檢「立即約談馬英九」。
廉政署強調，台北市長柯文哲今年初召開廉政委員會後，決議移送馬英九及李述德，但這部分為台北地檢署的立案來源，案情與廉政署調查的內容有差異。
