外交人士透露，已被免職的原任WTO代表賴幸媛未回報離任程期，打算在瑞士待到10月再離任，引起批評。不過賴幸媛澄清，自己在蔡英文上台後就提出辭呈並獲核准，日前也與外交部表示將於9月底移交，「未回報離任程期」一說不符事實。
蔡英文上任後，包括駐美代表高碩泰、駐日代表謝長廷均於6月上旬到任，但駐WTO常任代表一職卻遲未交接。有消息指出，賴幸媛直到人事派令下達後仍「賴著不走」，甚至表示希望在駐在地待到10月。
報導指出，7月中獲蔡英文任命的新任WTO代表、中研院院士朱敬一對此感到無奈。據了解，朱敬一曾詢問外交部能否盡早就任，但未獲同意，後來朱敬一受訪時僅表示，依據外交部公文，他必須在9月底完成準備業務，預計10月初赴任。
對於賴幸媛「賴著不走」一事，民進黨立委陳其邁呼籲，賴應配合政府整體外交工作推動，不要留下話柄；民進黨立委羅致政也認為，既然賴幸媛是前總統馬英九派任的政務官，就該與總統同進退，「(新任)總統不留你，就應拍拍屁股走人。」
不過，外交部指出，特任代表離任與否，與前任政府辭職或任期屆滿並非直接相關，應視駐在地有無業務或特殊考量而定；「外交部駐外人員輪調作業要點」也規定，常任與特任駐外人員，須於人令發布後3個月內抵任。因此賴幸媛雖接近3個月底線，但並未違規。
而賴幸媛也表示，政黨輪替後她就主動提出辭呈，蔡英文於7月14日核定，隔日府方公布辭職生效後，她就與外交部討論交接事宜。7月27日，與外交部安排9月30日交接，「未回報離任程序」並非事實。
