此外，因國安局長過去多由軍方背景出任，導致高度重視中國軍事相關情資的文化，但現在的安全議題已不限於軍事領域，包括金融、社會、經濟、醫療議題等攸關國家運作領域的情報能力，都該是重點，這不是傳統國關或政治訓練的人可以掌握。因此，網羅前述方面的專家與強化情蒐能力，同時招募可運用大數據與人工智慧能力的資訊科學家，來強化情報蒐集、篩選與判讀，也是當務之急。
軍、文矛盾，各處爭功互槓
現在國安局的情戰功能較有限，這與組織法及處務章程有關，國安局可以為了中國情蒐而布建，可是沒有美國中情局的祕密任務權限。但因中國已具全球存在感，其一帶一路、孔子學院及混合戰等都是全球任務，因此對中情蒐現在也需要擴及其他國家。特別是當中國對台情戰與策反，有不少是透過其國外情報站執行，國安局的對中情戰，也就必須包括對友中敵台國家的情戰（不止於情蒐）等任務了。
國安局是軍、警、文職並存，不少文職人員抱怨，國安局被軍方視為升遷的另類管道；但也有軍方出身的前局長抱怨，無法調離不適用文職人員，產生了人事阻塞與黑函文化，因此建議停辦招考文職人員的「安幹班」。而年改更讓國安局內部出現軍文職同工不同酬的指控。考慮建立合理的分流升遷，以健全內部的軍文關係是重要的。
此外，國安局讓各單位自行對外撒網，以務求撈到相關資訊的情蒐作為，容易使轄下各單位處於競爭狀態；甚至同樣在對外情蒐，但因彼此互不聯繫，使得外國情資來源對於相同問題被不同人詢問的狀況頗為狐疑，認為台灣是否對其有所懷疑。
這些多是具主動性的國安局內控問題，與私菸醜聞無關，但處理得好會改善國安局情報工作的效度，更會有助於提升國安局士氣。
首長退休後赴親中企業任職
國安局因掌握機敏資訊，更是綜整與管理國家情報的主管機關，對其要求國家忠誠永遠不嫌多。這兩年屢屢傳出國安局長、副局長、軍情局長等在卸任後直接去友中台商公司任職。像楊國強、郭崇信、張戡平、劉本善等諸位將軍的例子，即使沒有叛變或是舔共的證據，但這種與中共毫不提防的距離，的確讓國人對於國安體系的忠誠度產生疑慮。
由於這些都與國安局領導階層有關，以更高標準提出要求並不為過，有關國安局的改革也該由領導階層做起。邱局長的作為，大家都等著看。
秘情局——美國總統的守護神
美國保護總統安全的單位是秘情局（United States Secret Service, USSS，或譯為特勤局）。
這個單位設立於1865年，也就是林肯（Abraham Lincoln）總統遇刺的那年，首任負責人為伍德（William Wood）。林肯遇刺那天，秘情局成立的公文正放在他辦公桌上。不過秘情局最初成立的目的並不在於保護總統安全，而是在防止偽鈔，所以秘情局很長一段時間都隸屬於財政部。
