針對《蘋果日報》報導，指總統府昨日由發言人說明違法私菸案行政調查進度時，未說明涉案者名單、未提供過去購菸名單、未指出下令者等為「避重就輕」、「擠牙膏」。總統府今（31）日下午發表聲明，指依法務部相關規定，行政調查主要在釐清相關人員行政責任，相關調查啟動，是經檢察官同意，須嚴守「不影響案件偵查」及「不違反刑事訴訟法偵查不公開」原則。
聲明表示，該報導逕以行政調查未揭露人員名單等指控府方，顯然是對「政風機構執行行政調查作業要點」等相關司法程序與規定過於陌生的誤解；事實上本案相關行政調查資訊將全數交司法單位進行偵辦，檢方也會依照偵查進度適度向外界說明，沒有所謂避重就輕。
聲明也嗆，「類似的無端指控，對本案的事實釐清，並沒有幫助。」
聲明指出，總統府及國安局政風單位所進行的行政調查，是依據法務部訂定「政風機構執行行政調查作業要點」規定辦理。依規定，行政調查主在釐清相關人員行政責任，相關調查啟動，是經檢察官同意，並作業必須嚴守「不影響案件偵查」及「不違反刑事訴訟法偵查不公開」原則。
聲明也說，以本案行政調查為例，專案小組從涉及人員的訪詢自清，以及就起獲相關資訊勾稽比對，全面釐清本次涉及吳宗憲等利用元首出訪私菸案中，包含人員涉入情節、違法樣態、包含訂購運送等運作細節以及歷來違法情形沿革等。行政調查所獲得事證資訊，除全數交司法單位偵辦，並隨即就調查情形，完整向國民報告。
