官員表示，現在全國上千個保稅倉庫，包括物流園區、科學園區、加工出口區，都是採取自主管理，這項政策從民國80幾年就開始推，單單台北關負責的自主管理免稅倉庫，就有高達3、400家，關務署對於走私風險較高的眾多私人企業，緝私人力真的很有限，對於自主管理倉庫，各區海關一個月才實地稽核一次，平常僅靠遠端稽核帳戶管理方式管控，讓業者有動手腳的空間。
關務署將多數海關人力用在私人保稅倉庫的結果，反而讓公營的華航旗下華儲、華膳空廚之保稅倉庫，成了有心人的走私管道，華航的管理螺絲掉滿地。
據了解，由於華儲在2013年的毒品走私案只被罰了6萬元，對於總統府特勤人員走私洋菸，關務署一時之間，也不知道該如何開罰，最後僅以華膳空廚「擅自移動貨物」，但情節重大，將罰金從6萬提高到12萬元，加計《保稅倉庫設立及管理辦法》3萬元罰款，合計行政罰罰金達到15萬元。
華航在私菸案僅擅自移動貨物？ 檢調對財政部不以為然
不過，財政部將華航在總統府私菸案扮演角色，定位為「擅自移動貨物」，卻讓檢調單位頗不以為然。據了解，由於華航旗下子公司捲入毒品走私案，過去都是以《海關緝私條例》第35條的行政罰了事，但這次總統府私菸案，華航與華膳空廚主動提供免稅倉庫給特勤人員使用，公司高層事先知情的可能性極高，和華儲過去捲入毒品案，公司高層一無所知的情況天差地別，15萬的罰款，對於華航高層根本是不痛不癢。
法界人士表示，《菸酒管理法》針對一般旅客攜帶超額香菸入境，都是處罰每條新台幣500元的罰鍰，華航9800條香菸私運案，因為不屬於旅客隨身攜帶，依法應按菸酒管理法處罰1000萬以下罰金，或依照海關緝私條例第3條及36條有關私運的規定，沒入貨物並處以貨價3倍以下的罰鍰。
但這次關務署竟然把華膳空廚「私運」香菸入境的行為，解釋為「擅行移動貨物」，所適用的罰則瞬間由沒入貨物並處罰貨價3倍罰鍰，降成了區區數萬元，對華航似乎有輕縱之嫌。
對於外界質疑，財政部官員表示，《菸酒管理法》第45條第2項的輸入私菸行為，因為涉及到刑責，關務署依據《行政罰法》「刑事先行」原則，現階段尚未對華航等相關人員處以行政罰鍰，未來如果法院審判結果，有課以刑責，那麼關務署對於走私與協助走私的機構，最高仍可併課1000萬元罰鍰。
