台灣國營事業近年頻頻碰觸到土地徵收、環保與文化資產保育的地雷，近年來相關投資頻頻碰壁。根據審計部公布的104年度中央政府總決算報告，國營事業1億元以上重大投資案計65項，實際工程較預計進度落後者高達36項，經行政院或相關部會同意停辦或緩辦者有5項，部分投資案如通霄天然氣發電廠，係由前縣長劉政鴻帶頭反對、雲林口湖的台澎海底電纜則在藍營執政期間，面對前立委、現任環保署長李應元的反對、南鐵東移抗爭更是激烈，讓主張「居住正義」的民進黨面臨沉重壓力。
根據審計部104年度中央政府總決算，台電辦理「林口電廠更新擴建計畫」、「第七輸變電計畫」，交通部高雄港務局及台灣港務公司辦理 「高雄港客運專區建設計畫」、「基隆港西岸客運專區港務大樓興建工程計畫」、「南星土地開發計畫」，台鐵辦理「台北機場遷建建設計畫」等，有未盡職責及效能過低情事。
台電數項建設計畫卡關
審計部表示，林口電廠更新擴建計畫，於2005年9月核定，投資總額830億 ，原本預計2019年12月完工，嗣因燃煤機組價格上漲、環評審查通過期程未如預期及部分工程因故停工，後來預算規模追加至1525億元，完工期限展延至2022年底，第一號燃煤機直到最近才完成商轉。
另外，為解決澎湖尖山電廠機組除役，推動澎湖低碳島，台電自2005年起推動「台澎海底電纜興建計畫」，並且列入台電「第七輸變電計畫」之分項工程，但由於海底電纜興建面臨澎湖與雲林口湖民眾抗爭，台電因此申請完工日期，從今年6月展延至明年6月，審計部方面認為台電興建過程未評估當地抗爭，導致發包後因施工許可或路證遲無法取得而延宕工期，積壓發包工程資金成本，亦影響供電效益之發揮及政府再生能源政策之推動。
不過「台澎海底電纜工程」的民眾抗爭，在民進黨執政後迎刃而解。今年6月，澎湖縣長陳光復召開協調會，針對回饋金議題達成共識，台電回饋金額共計4000萬元，行政院長林全日前接受媒體訪問時也表示，希望台澎海底電纜工程在雲林端的問題可以解決，「台電方面將承諾海纜登陸後只是轉接，不會另外興建變電所」，讓未來澎湖等離岸風電的綠電，能夠透過海纜讓台灣中部使用，讓台中火力發電廠冬季可以降載，降低中部燃煤發電空汙問題。
台水方面，曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水計畫，經費152億元，但未衡酌東港溪原水前處理工程實際興辦規模及計畫內容調整情形，肇致工程一再流標。
交通部也遇難關 機捷、鐵路、碼頭進度落後
交通部多項重大工程近年也明顯延宕，工程會104年度列管重大公共建設計畫，屬交通部及所屬機關執行計畫計有70件，其中，高速鐵路工程局辦理機場捷運系統延伸至中壢火車站，未依規定評估縮減A23站（中壢車站）工程範圍後對原計畫執行目標及效益影響；大鵬灣遊二區未依行政院指示委託國際級水準之團隊參與規劃；金門大橋及台南市區鐵路地下化等建設計畫，興建進度落後。
其中，南鐵地下化部分，截至今年6月止，實際進度僅38.30%，跟原先設定進度60.49%，落後了22.19個百分點；「台鐵桃園段高架化建設計畫」，原訂於2017年12月完成，但桃園市長鄭文燦當選後，於2015年1月間改推行桃園地區鐵路地下化政策，桃園車站北端至內壢車站以北路段高架化工程因此暫緩。
台灣港務公司基隆與高雄碼頭的工程也明顯落後。基隆港務大樓部分，因涉及西三碼頭歷史建築辦理修正計畫，導致1億4325萬餘元公帑損失，並衍生施工廠商提出鉅額求償7252萬餘元。
高雄南星土地開發計畫，因大林蒲灰渣衛生掩埋場及占用土地經營漁塭等土地撥用問題待研商解決，於2014年10月14日報經行政院核定修正計畫，展延計畫時程至2016年12月，迄今尚無明確招商計畫。
