我國今年能否參加「國際民航組織」（ICAO）大會仍在未定之天，也引發外界對新政府參與國際組織作為的議論。擔心政府再像5月參與「世界衛生大會」（WHA）一樣，過度屈從中國，有獨派人士引述國安高層消息透露，衛福部長林奏延在WHA的講稿是世界衛生組織（WHO）秘書處提供的，並指這個讓步大傷我國國家尊嚴。對此，總統府指出，這是不實消息，沒辦法回應。
林奏延WHA演說未提台灣，蔡英文:未遭矮化
台灣自2009 年起每年都出席WHA，並由衛生署（2013年改制為衛福部）的署長發表簡短英文演說。與先前出席的前任者皆不同的是，林奏延沒有提「台灣」（Taiwan），而是用「中華台北」（Chinese Taipei），即使講到台灣2300萬人時，也沒有使用「23 million people of Taiwan」這種比較常見的用法，而用「中華台北的2300萬人民」（the 23 million citizens of Chinese Taipei），不過他提到健保涵蓋率時，則使用「台灣人口」（Taiwanese population）。
林奏延出席WHA是新政府上任後首度處理台灣參與國際組織的機會，林的演說被認為是新政府以高度自制，對中國展現善意。總統蔡英文接見林時，肯定其表現，並說：「稱謂上沒有被矮化」；林事後則指出，「中華台北」是我國與會的正式名稱，演說是團隊討論的結果，國人對名稱感到委屈，他感同身受。
綠營對林的演說及蔡的態度有極大的反彈，紛紛透過管道向國安高層表達。不願具名的獨派人士指出，根據國安高層的消息，林奏延的講稿是WHO秘書處草擬的，透露消息者或想表達，在不承認「九二共識」下，新政府面臨極艱難的外交處境，但他對此非常難過，不敢相信是真的，還試圖從別的管道查證。
據了解，多名親綠營及獨派的人士都知道這個消息，有人說，有傳言明確指出，「他（林奏延）是照念、稿子不是自己寫的。」另外，也有人指出，林奏延剛返國不久，他就聽說這個消息，現在這個消息再被提出來，應是因為深怕新政府為了出席ICAO大會，再做不應該的讓步，「那時候（WHA大會時）新手上路，處理得不好，已經有一次經驗，若再有類似的事情，就不可原諒了。」
《風傳媒》18日數度致電林奏延求證，並傳簡訊詢問，但沒有獲得回覆。
楊志良:講稿給國安會看過，不可能先給WHO秘書處看
曾在2010年代表我國第二度參與WHA的前衛生署長楊志良、在2011-2014年間代表出席的前衛福部長邱文達分別在電訪中表示，講稿都自己寫的。
楊志良指出，他不太相信林奏延的講稿是WHO秘書處準備的，這樣有點離譜；以他自己的經驗，他先將稿子給國安會看過，稿子除了他的頭銜「中華台北的衛生部長」（Health Minister of Chinese Taipei）外，還有6處用「中華台北」，但他演講時，主動將5處改為「台灣」，因「中華台北」是正式名稱，總要講一下，其他地方則用「台灣」，稿子也沒先給WHO秘書處看過，「當然沒有，沒有這個道理，不然我就不去了。」
邱文達指出，講稿不是由WHO秘書處提供，都自己準備，有時費時1-2個月。
