據了解，華儲員工運毒案，司法單位早在2015年即已判決，但華儲的行政罰金額，關務署台北關卻從2015年，一直到2018年處罰期限即將屆滿才拍板決定，由於「私運行為」的罰款金額高達2億元。
據了解，在華儲拜託下，民進黨團總召柯建銘辦公室曾發通知，在2018年3月5日邀集財政部關務署、台北關關長、華航總經理謝世謙、華儲董事長陳宗義，就華儲運毒案「倉儲業者因個人員工涉犯走私，公司組織遭主管機關科處罰鍰案件事宜」進行討論。但後來因為財政部內部已做出罰6萬的決議，因此這場會議後來並未舉行。
為何改變罰款金額，根據關務署內部會議紀錄內容，「台北關類似處分案，推定倉儲業者應負私運之責的法理，不僅基礎薄弱，未盡查證之責，任意轉嫁走私責任於倉儲業者之結果，將無限提高倉儲業者之風險，案例行程後，除倉儲業者外，行政機關及各產業之經營業者，亦將面臨相同之營運風險與障礙」；「倉儲業者必須先提供等額罰款之擔保，方可避免行政機關對倉儲業者財產施行保全措施，此種情形，對倉儲業者經營造成很大負擔，甚至影響企業存續。」
關務署內部爆料，關務署台北關針對華廚捲入運毒案，始終就是想要以「擅行移動貨物」結案，當時的關務長不敢批，於2018年6月5日退休，退休未及數日，即由副關長直接代行開出這張6萬元罰單，簽報該罰單的單位主管也在7月旋即升官他調。
關務署：台北關不能將員工個人行為，自行推定為法人之故意或過失
針對2013年華航子公司華儲員工，利用華儲倉庫運毒案，關務署為何到2018年，才對華儲公司處以6萬元罰鍰，關務署署長謝玲媛強調，華儲公司員工走私運毒行為，是否應該依據《行政罰法》第7條，一律推定為公司法人之故意行為，在法律上本來就有討論的空間，關務署台北關當初雖然準備依據《海關緝私條例》第36條規定，對華儲公司處以貨物價格3倍罰鍰，但該案後來在財政部訴願會遭到撤掉，理由是法人的責任不能無限上綱，台北關不能將員工個人行為，自行推定為法人之故意或過失。
至於華儲的裁罰案，去年初是否有立委主動關切，謝玲媛表示，華儲的裁罰案係由台北關經手，該案在裁罰以前，可能有立委主動關切，她個人沒有特別印象。
針對走私菸案，財政部次長阮清華表示，財政部針對國安人員私菸案，在行政罰部分，係配合檢調偵辦，「證據到哪裡，就罰到哪裡」，其中，本案中參與「團購」，但未被檢調起訴之國安特勤人員，財政部方面已經依據《菸酒管理法》，按照其超量購買之菸品數量，分別處以4.5萬元以下罰鍰，另外，涉及關務部分，關務署也對華膳空廚「擅移貨物」部分，對該公司進行裁罰。
