整個事件的引爆點在翁院長對浩鼎解盲後的發言，但回過頭來看，他的發言不但是被動回應媒體記者的包圍追問，以負責任的科學家態度回應，所提內容後來也證明皆爲事實，與浩鼎公司新聞稿和在ASCO發表的內容一致。全世界很多媒體都正面報導此解盲結果，只有一家台灣媒體率先在2015年2月21日14:04以「失敗」報導（浩鼎之記者會在14:00才開始）。報導之後，緊接著即蜂擁而來的對翁院長撻伐，説他企圖護盤、操弄股市、內線交易、賤賣技術、貪污，甚至女兒的持股資金來源是第三者的贈與...等等。儘管他多次發言強調絕無這些指控的事實，但仍無法改變形勢，檢調系統也跟著大動作搜索、調查。
從媒體、輿論觀察這次事件的始末，我們深切覺得我國司法及媒體改革的迫切性。所謂「偵查不公開」，「無罪推定」原則純屬空談，且毫無顧忌；而某些媒體的自由度更已到泛濫的程度，本應公正的「社論」也幾乎淪陷，對不實報導可不負任何責任。例如某媒體報導他在美國的房子，家具打包收拾好有逃亡之跡象（事實上不是他的家具）；記者三番兩次到他聖地牙哥住處和以前的服務機構騷擾，說他涉及內線交易。更有週刊於事件偵結前，將過往不確實且未經偵察辯證之片面資訊，以聳動標題「翁啟惠涉貪電郵遭破解」、「浩鼎案傳訊陳建仁」，並以大篇幅內文報導「沉寂多時的浩鼎案有重大突破」、「隨著檢調偵辦步驟，最近再掀起一波高潮！」，部分平面及電子媒體隨即附和報導…等等，此類揑造且未審先判，公開打壓一個有國際聲望的中硏院院長，如此毀人名節的惡劣行徑難道是我們媒體的常態？就連總統也以順應民意及對中硏院院長選舉有疑慮爲藉口，將已批示不同意的辭呈，經過一個多月後，在翁院長多次強調不再請辭後再拿出來批示同意，並強調即時生效，絲毫不留任何餘地！
翁院長學術成就崇高, 是一位世界頂尖的化學及生命科學家，也是真正以「學術貢献社會」的實踐者，其研究成果幾乎無私的奉獻給國家，一心一意推動台灣生技產業發展, 個人智慧產的技轉成果，也是台灣學術研貢獻社會的最佳典範。誠如翁院長在交接典禮所言，今天的中央硏究院和學術界已不同於過去，除了追求學術的獨立與自由外，外界也期待它能與社會的脈動連結，在研究上做出對國家發展及「創新經濟」的貢獻。這個由「學術」象牙塔到實質造福人類的過程必然與「產業」和「資金」連結。為使優秀的研究人員能放心將研究成果技轉至產業界，健全的法律規範實乃刻不容緩。翁院長回台後，努力推動相關規範, 例如生技條例的制訂及科技基本法的修正；經過多年的奔走雖然稍有進展，但政府及媒體對科技「創新」產業的發展所應具備的條件及學術界應扮演的角色似乎仍不了解，一直以公務體系的思維看待學術界，而非從如何將產生的智慧財產，進一步鼓勵產學合作，激勵創新產業之形成來思考。這方面科技基本法其實皆有明文規定「公」與「教硏」應分軌，但多年來不止無法落實，甚至以「公務員服務法」來限制學術發展，讓有心將研究成果貢獻社會的學術工作者無所適從。
