在國家安全會議秘書長胡為真任內，兩岸曾首度執行換俘的秘密談判，台灣的代表是由國安局督察處長侯水源率同軍情局的人員赴第三國，與中國國安部人員會商，結果因中方認為侯水源的誠意不足而中止談判。
據國安高層人士表示，這次談判主要是針對軍情局在2006年6月遭中國國安部在越南、廣西邊境逮捕的軍情局四處前副處長朱恭訓及徐昌國，負責策劃談判則由國安會成立專案小組。
據指出，接觸地點是由中方指定，馬來西亞、新加坡都有交涉過，最後，似乎以新加坡做為兩岸換俘的交涉地點。
由於，中方人員提出要台灣針對派朱恭訓及徐昌國2名諜報人員到大陸的行動，必須由政府部門擬一份具有代表性的道歉信，向中國政府表達認錯之意，另外，也要求台灣政府必須具體保證不再對大陸做諜報派遣，並裁撤軍情局。
只不過朱恭訓的弟弟朱恭誥在赴廣西探視哥哥時，曾親口向國安部人員查證，中方是否曾提出要求台灣裁撤軍情局為條件，才願意釋放朱恭訓，對方斬釘截鐵表示，雙方確實有接觸，中方不會提出這樣的條件，因為，台灣不可能裁撤軍情局，雙方談不攏純粹是中方認為台灣主談判的代表（侯水源）誠意不足而無法談判下去。
據國安高層人士透露，國際上，換俘都是以驅逐出境的方式進行，朱及徐2人也都在廣西關了近8年，對中方已無情報價值，理論上，中方只要願意大可以把朱、徐2人帶到邊境予以驅逐，台灣也可以配合，只是中方迄今緊抓著朱、徐2人不放確實令我方國安單位頗為費解。
