靖國神社的前身是1869年8月6日成立的「東京招魂社」，最初是紀念明治時期因內戰犧牲的3500多名「反幕武士」。1879年東京招魂社改名「靖國神社」，「靖國」由明治天皇命名，出自《左傳．僖公二十三年》「吾以靖國也」，取「使國家安定」之意。
明治維新後，靖國神社開始供奉甲午、日俄戰爭與二戰等戰事中為日本戰死的軍人與軍屬。1945年8月日本戰敗，聯合國占領軍原本準備廢除靖國神社，但神社改組為宗教法人後得以倖存，加上日本戰後的《和平憲法》規定政教分離，國家不可以介入任何宗教事務，靖國神社轉制為非政府的宗教機構。
1978年，神社增祭了東條英機等14名甲級戰犯，加上多任日本首相、國會議員均以公職身份參拜神社。如福田赳夫（1982年）、中曾根康弘（1985年）、橋本龍太郎（1996年）、小泉純一郎（2001年，5年任期內參拜6次）等。這讓反戰人士，以及二戰時遭受日本侵略殖民的中國、南韓嚴正抗議，認為是右派軍國主義復甦。
靖國神社一年舉辦三次祭典，分別是4月春祭、8月15日的「終戰日」與10月的秋祭。1952年至1975年間，昭和天皇（裕仁）八度參拜靖國神社，但1978年納入甲級戰犯後就不再參拜，此後日本皇室不曾再踏入靖國神社。
目前神社內供奉近250萬死者，沒有骨灰或牌位，僅將死者姓名與資料記錄於冊。包含陣亡軍人、軍屬，參與戰事死亡的醫護人員、學生、文官、民間人士，以及當年因殖民而被日本徵兵戰亡的台、韓籍民眾。
2005年二戰結束60周年時，當時的台聯黨主席蘇進強曾率一行10人參拜神社內約2萬8千名台籍日本兵；前總統李登輝卸任後，2007年6月7日也以私人身份至神社悼念當年被派赴菲律賓戰亡的兄長李登欽。
