海軍在太平島週邊執行「衛疆計劃」收復登陸實兵演習，2000年1月28日，陸戰隊將防務移交給海巡署後，海軍在太平島周邊海域最大的一次艦隊集結，也是1996年台海危機後國防部首次進行收復外島的「規復作戰」演習。這次展現軍事實力，也說明過去「和平互惠、共同開發」的南海政策，得不到善意回應，只能以軍事來確保主權地位。
1956年太平島被劃為南海守備區，海軍定期威力偵巡外，海軍陸戰隊駐守更設有各種口徑置岸火砲進行演習。1999年李登輝執政後期，考慮東沙、南沙太平島因為離臺灣本島過遠，一旦發生衝突臺灣軍方根本撐不了多久，因此以「非軍事化」先向南海各國釋出善意，將駐守太平島上的陸戰隊撤離，改由海巡登島駐守。
在陳水扁執政期間，南海仍維持李登輝時的共同開發的政策，以軟性的立碑掛車牌來象徵主權的地位，但越南因南海主權問題，不斷與中國發生衝突，甚至向多次在太平島週邊海域開槍挑釁，雖然陳水扁執政後期應美方要求，在太平島開闢機場，但狀況並未改善。
馬英九總統執政後，各國對南海主權爭議事件不斷，馬總統則是提出「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」為處理南海的原則，雖然但身為擁有南海最大太平島的台灣，「南海各方行為宣言」的談判與簽署，甚至有關南海區域安全的會議，不管是中國或是東協各國都沒有找上台灣，台灣似乎在南海問題上被刻意遺忘與「邊緣化」，才讓國安會不得不重新思考開放南海、共同開發的原則並未獲得善意回應。
國安會認為南海問題上，運用「巧實力」必須是「硬實力」加上「軟實力」，才能確保主權地位，因此從2011年開始每年的暑假學生登太平島活動與科學 研究，陸續加化島上火力與人員訓練，一直到這次的海軍「衛疆計劃」實兵演習，說明只有硬實力的軍事實力才是確保主權的不二法門。
