台北帝國大學在日治時代於一九二八年建立，前有東京、京都、東北、九州、北海道、漢城，後有大阪、名古屋。該一建置對台大在台灣高教體系居龍頭角色與台大傳統之建立，有絕對性之貢獻。二○一三年十一月十五日台大慶祝八十五周年校慶，就是將台北帝國大學這段歷史計入之故，因此在研究譬如台大理學院歷史及其學統時，是不可能不把當時的理學部事蹟與學術傳承納入的。
＊傅斯年與孫震校長
很多人一定無法理解這兩人是如何並列在一起的，但真正曾經面對時代重大變動的兩位台大校長就是傅斯年與孫震。
1949年國共內戰國民政府播遷來台，傅斯年任校長，主張辦大學就是辦大學，政治不應介入學術。觀其在1949年對台大四六事件之因應，在當時即將啟動戒嚴與白色恐怖時代的氛圍下，應算是言行合一。他另引荷蘭哲學家史賓諾沙（Spinoza ）的宇宙精神（真理）之意，提出「貢獻這所大學於宇宙的精神」之說法，也闡釋了「敦品勵學，愛國愛人」之校訓。他過世之後，台大史無前例也應是後無來者的，為他立下傅鐘與傅園 ，表彰了他在亂世之時所扮演的精神領導與貢獻。
孫震則擔任解嚴（1987年7月15日）前後之台大校長，解嚴前一年中，台灣社會開始有了巨大解放，社會運動逾百件，為台大校園一向主張校園自主學術自由的校風，找到了實踐的場域，出現了自由之愛與教授聯誼會。1990年的三月學運與1991年的一百行動聯盟（反刑法一百條之思想入罪），皆由台大師生發起。反刑法一百條時，於雙十閱兵前在仁愛路台大醫學院前靜坐，由陳師孟與林山田等人主導，李鎮源則是精神代表。當年10月22日行政院長郝伯村在立法院責罵孫校長，孫震寫了一封「個人可以默爾而息，身為台大校長不能受辱」的辭職信，台大師生則支持孫校長，要求郝道歉。我在醫學院前靜坐之檢討與聲援孫的兩個大會上，都出來擔任主席，得以充分體會台大在造反以及與當政者對抗時的精神力量。11月2日台大校務會議在我們連署提案下，通過「軍警不得進入校園」的基本原則，當局也表示尊重。
台大在這些事件上，發揮了當為「正義堡壘，觀念燈塔」之時代轉型功能。台大沒有棄守應盡之時代責任，孫校長亦未阻止這些事件發生，這在當時是很不容易的。有一次鄭心雄在台大前面碰到我，說國民黨中常會剛通過孫校長的任命，所以孫校長在那種時代所受之黨政壓力一定相當巨大，而他能體會台大校長的角色，學習做一位台大校長應該表現出來的分寸，是很不容易的，看起來有向傅斯年學習的味道。
