國民黨重返執政 平反二二八再遇挫折
一切的一切直到1987年陳永興、鄭南榕等人發起二二八和平紀念活動才可以攤在陽光下，1995年終於出現二二八事件處理及補償條例、總統開始向受難者道歉，只是林小雲也說，1987年到2008年基本上沒什麼進展，就是設立一個條款、紀念館、舉辦儀式、每年元首象徵性地向所有家屬道歉，但在其他部份，就很停滯了──而一切的一切，又在2008年前總統馬英九上台時碰到巨大挫折。
回憶2008到2016年這段期間，林小雲說二二八事件紀念基金會多數業務是被迫停滯的，政府凍結我們的預算，很多事情無法如期進行，也因此錯過了很多的東西，例如對很多受難者或家屬的影像紀錄──原先受難家屬歷經平反過程後比較不害怕去談歷史了、比較願意出來講話了，偏偏遇上政黨輪替，國民黨不願意調查拓展，一切也就變成「行禮如儀」的流於形式。
「馬英九會去花蓮張七郎先生家中上香，我不否認他的善良，但我們當時館長跟馬先生理念相同、很多事情沒有積極去進行，在我看來，錯過了社會心理研究、創傷症候群研究的良機……」林小雲嘆，那段期間真的是很悶很悶，選舉接近時父親甚至要林小雲帶他去各種蔡英文的造勢場：「父親對她（蔡英文）期待很高，即使民進黨之中，大概也只有她要做這個事情了。」
終於2016年政黨再輪替、總統蔡英文執政，儘管轉型正義因此露出曙光「重開機」，林小雲說：「很多受難者跟家屬都已凋零殆盡，人都沒有了，你要怎麼挽回，來不及了。」
儘管蔡英文當選總統後轉型正義有進展，促轉會成立、國家人權博物館成立，轉型正義也變成一個廣泛的文化運動、電影《返校》問世，對於「補償」這事，林小雲也直言，這是有很多缺憾的。
「這麼多受害者卻沒有加害者，是很大的荒謬」
「光是名字就有問題了」，林小雲說：「從家屬觀點看來，他們做了基本的道歉，但沒有真正承認錯誤，說是『補償』就是不承認錯誤的意思，如果承認，那應該要叫『賠償』……另外，整個過程中象徵性地處理這些人歷史受的傷害與憤怒，這麼多的受害者從來沒有一個加害者的出現，這是一個很大的荒謬。」
說起加害者這事，林小雲曾有個朋友出席受難者二代故事的新書發表會，那位朋友剛好是所謂「加害者」的孩子，他的爸爸當年是送政治犯去綠島的船夫，聽完實在很擔心：我會不會成為加害者的後代、成為一個罪人？
對此，林小雲其實也有與受難者二代討論過：「我們不管內心或成長過程，面對歷史我們都充滿坎坷，我們不會希望所謂對面那群人的後代再經歷跟我們一樣的焦慮……我們會希望得到對方的認錯，你真的做了什麼事，就做一個誠懇的道歉，如果未來有制定出怎樣的處罰，你就坦然去接受，至於孩子，他們並沒有做這些，心理上不需承受這樣的壓力。」
