地方政府不只對上報標準嚴格控制，根據《財新》對「新冠病毒基因測序溯源」的獨家披露，有基因測序公司人士透露自己一月一日接到湖北省衛健委一位官員電話，通知他武漢如有新冠肺炎的病例樣本送檢，不能再檢；已有的樣本必須銷毀，且不能對外透露樣本信息。
《財新》文章給出的關鍵信息是：在去年十二月底之前，已有不少於九名不明肺炎病例的樣本從武漢各醫院被採集，並送往不同基因測序公司進行測序。
而一月三日，國家衛健委發布了一份名為「關於在重大突發傳染病防控工作中加強生物樣本資源及相關科研活動管理工作的通知」。這份公文規定，未經批准，不得擅自向其他機構和個人，提供武漢肺炎病例生物樣本及其相關信息。只有指定病原檢測機構才能開展病原學檢測，而已取得相關病例生物樣本的機構和個人，應立即銷毀樣本或送交國家指定的保藏機構——但哪些機構屬於「指定病原檢測機構」，公文卻並沒提，甚至連中國科學院武漢病毒所都一度被要求停止病原檢測，因為按中國現行《傳染病防治法》，只有國家和省級的疾控系統機構，才有權進行傳染病病原學鑑定。
整組防控系統失靈
無論出於何種原因，眼前的事實是，對不明肺炎病原的確定時間被推遲了。疫情全面爆發後，地方官員（武漢市長、武漢市委書記）與國家衛健委、中國疾控中心相互甩鍋，上怪下維穩瞞報，而地方雖承認管控晚了卻表示確有上報……，問責鏈條不斷拉鋸，在過去一個月裡讓不少網民感慨歹戲拖棚。
由此可見，地方政府發現了但沒控制住，同時衛健委、疾控中心、地方政府、基層醫院、研究機構之間也沒有做好協調合作。整個系統都要為疫情防控不力共同承擔責任。
