第2批武漢包機於11日凌晨分成2班機抵台。據了解，對能夠促成第2批包機成行，兩岸可以說是溝通許久，甚至到10日都還持續不斷就細節溝通，像是隔離衣穿戴規則等，協調過程可說是「匍匐前進」，所有大小細節都做最深入的溝通、討論，才能載回由政府提出的優先名單，以及其他國人。
經過2月3日的首批武漢包機返台後，滯留湖北的台灣民眾也於10日搭乘由華航、東航先後執飛的第2批包機回台。
121名優先名單國人終於返台
10日下午，華航已先載數10名我方的醫護人員飛往武漢，進行相關防疫作業，並安排班機有足夠的座位間距，以降低感染風險。據了解，直到10日中午，兩岸才敲定東航返台的航班上，會有中國醫護人員隨行，進行相關人員的看護工作，而在飛機抵台後，我方的國軍化學兵也會進行人員、機具的消毒工作。
11日回台的國人中，包括我方提出的121名優先名單，主要是短期滯留、老弱以及有急需醫療照護的病患等3類及其家屬，同時必須先經過核酸檢測與體溫測量。據指出，若拒絕檢測就不能登機，而當中確實有人拒絕檢測，所以登機名單直到最後一刻，還有些微的變動。
首批武漢包機後 兩岸溝通曾「暫時失聯」
據指出，一直以來我方都不認為武漢包機返台的形式、怎麼飛是重點，最重要的是防疫優先、弱勢優先。尤其在台灣當今多數民意都反對接回滯留武漢國人的情況下，要如何安排、什麼時間點讓包機成行，政府都必須做最妥善的考量，「絕對不能有任何失誤」。
但兩岸的溝通過程並不是一帆風順，在首批武漢包機抵台後，兩岸因包機上出現1名不在名單上的武漢肺炎（新冠肺炎）確診病患等各種爭議，雙方在媒體上隔空交火，導致後續包機的溝通「暫時失聯」，所幸雙方很快又恢復溝通，繼續對包機事宜進行協商。
怕違反「一中原則」 中國不希望台灣防疫人員赴中
據指出，一直以來中方的癥結點是防疫問題，因為中方不希望台灣防疫人員赴中，進行相關防疫任務，問題不單是台灣「對於中國的檢疫不信任」，台灣防疫人員赴中也可以說是違反「一中原則」，代表台灣政府赴中執行主權。
首批包機啟程時，中國跟東航都拒絕讓相關返台人員依我方建議，戴上口罩、穿上隔離衣等防護設備，或由台灣派員赴中，先登機進行檢疫，並隨班機返台進行照護工作，「這些事情，當時都被拒絕」。
不過，後續情況有所改變，據指出兩岸經過協商後，看到台灣接回「鑽石公主號」國人的「橫濱模式」成功，同時香港後續也以包機方式接回在中國的港人。最後，在以健康為主要考量因素下，兩岸達成第2批武漢包機返台的共識。
但是，對於後續是否還有包機，我方仍在考量，認為需要先看第2批包機的狀況、結果，再作進一步的規劃。
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