去（2019）年秋季，於晨光時間進入校園、提供「青春啟航」相關教材予教師之「彩虹愛家生命教育協會」因宗教背景疑慮引發爭議，有家長指出其創辦人陳進隆多次在公開場合提到「文化宣教」、把孩子帶進教會，將台灣社會轉化變成「具有基督信念的國度」等。對此，教育部於昨（19）日公告，廢止彩紅愛家協會於高中以下學校及幼兒園多項教師進修課程。
2019年10月29日，多位家長與跨黨派議員召開記者會高喊「宗教退出校園、教材全面公開」之訴求，質疑於晨光時間入班、甚至培訓校園教師之彩虹愛家協會的宗教背景。家長Lulu（化名）表示，目前全國近6000人、服務範圍遍佈全台之隸屬於「彩虹愛家生命教育協會」的講課志工「彩虹媽媽」，其教材寫下「造物者」、「上帝」、「禱告」、「神」等語，課本內容也有許多一字不漏摘自基督教《聖經》，已踩到《教育基本法》第6條規範之「學校不得為特定宗教信仰從事宣傳或活動」。
而家長Emma（化名）表示，2013年至2018年間彩虹愛家協會創辦人陳進隆多次在公開場合提到要把孩子帶進教會，一段2017年3月公開演講錄音檔也提到：「台灣的社會如果要轉化變成具有基督信念的國度，其實有個關鍵：現在兒童是不是我們能把他帶到主的面前來。」
而親子作家番紅花（王碧珠）也曾於臉書提到，有學校志工告訴自己的女兒「你的第一次，你的貞操，是你送給丈夫的『禮物』」，讓番紅花錯愕不已。
對於相關爭議，彩虹愛家協會於2019年8月份聲明自己並非「宗教團體」，然而就其網頁資料，其「生命教育志工」2020年國小基礎培訓春季班舉行地點仍以教會為主，其官網公開列出台北純福音教會、城市之光聖教會（新竹）、浸信會三一堂（台南）、中壢靈糧堂（桃園）、東華浸信會（花蓮）、台灣基督長老教會北榮教會（嘉義）等培訓地點。
對於相關爭議，2019年末家長於公共政策參與平台做出「教育部應制訂中小學校園志工規則，明確規範志工資格、訓練、工作範圍、權利義務、罰則等項目」提案，而2020年起，教育部陸續對彩虹愛家協會「開鍘」。
據3月16日教育部公告臺教師（三）字第1090026342A號，依《社會教育機構或法人辦理高級中等以下學校及幼兒園教師進修認可辦法》第14條第1項及第2項，將廢止財團法人台灣彩虹愛家生命教育協會辦理高級中等以下學校及幼兒園教師進修課程之認可資格。
廢止課程包括：音樂劇師資培訓、特殊教育課程、生命教育培訓－生命教育工作坊教師研習、生命教育基礎培訓、生命教育初階培訓、生命教育進階培訓、青春啟航師資培訓工作坊、彩虹幼兒生命教育教材使用與教學示範－以人與己單元為例等8項課程。
