不過，土地資產最豐厚的台北市七星與瑠公水利會下轄財團法人，因為台北市政府方面對於官派董事席次分配仍有意見，因此農委會分配席次可能會少於4分之1。
謝勝信：改制後，原有的管理制度、員工待遇仍有效
在解決資產問題後，水利會目前聘僱的2300名員工，未來將由農委會成立17個灌溉管理組織接收，農委會農水處處長謝勝信表示，未來改制為政府機關後，原有的管理制度與員工待遇，仍然繼續有效，員工權益也會更受到保障，「水利會員工的雇主，目前是水利會會長，未來是農委會是雇主。」
謝勝信表示，由於《農田水利會組織通則》規定，水利會現任會長任期在今年9月底屆滿後，新任會長將由農委會指派，為了讓新的制度能夠銜接，因此希望能夠盡快完成《農水法》的立法。
目前農委會每年補助各地農田水利會金額高達50多億元，其中20幾億元用在水利工程經費補助，20幾億元用在會務補助，6億元用在農田水利會費的代繳，比較窮的水利會會務支出，甚至全部仰賴政府補助。謝勝信表示，未來各地水利會改制為政府機關後，農委會方面雖然將增加人事費用與勞健保提撥，但這部分過去係透過會務補助方式間接支付，因此，改制後的人事費用不會增加。
不過，先前曾經遭到詬病的水利會退休員工優惠定存，農委會方面並不打算透過《農水法》的立法，進行「溯及既往」的改革，根據監察院106年度中央政府總決算報告，全台水利會目前每年就水利會退休職員1995年以前年資，提供5%至12%不等的優惠存款，讓退休職員因此增加50至100萬元左右利息收入，每年優存的利息負擔高達1.5億元，農委會不準備修改水利會退休員工優存相關規定，顯然做出了某種程度的「妥協」。
