前民進黨主席施明德今日公開為跨性別人士發聲，呼籲廢止性別變更規定中，變性需摘除性器官的條文，內政部次長陳純敬則回應，衛福部去年12已召開會議，決議放寬變更性別需摘除性器官與進行精神鑑定兩項規定，相關性別認定措施仍需再與衛福部研議。
在2008年內政部所頒佈的行政命令中，規定性別變更需摘除性器官並經由精神專科醫師完成精神鑑定，施明德說，變性人雖為極少數中的少數，但仍為上帝的傑作，跨性別者必須承受不被父母接受、社會不認同及行政命令要求男性需切除陰莖、睪丸，女性切除子宮、卵巢，才能領取政府所謂「文明社會文件」不合理規定，呼籲應停止這種殘酷的行為。
台灣性別不明關懷協會秘書長葉若瑛表示，現在的性別變更制度須完成精神科醫師鑑定及摘除性器官兩項步驟，為費時、費力、浪費金錢的事情，希望內政部能立即停止這項命令，至少也需廢除摘除性器官的規定，為變性者留生路。媒體工作者楊憲宏則批評這項行政命令十分野蠻。
國民黨籍立委丁守中(余志偉攝)提到，立法院2009年三讀通過公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約施行法，明確的規定性別認同為最基本的人權，因此不容許內政部侵害人權命令的存在，相信朝野也會馬上對於此不人道、違反國際公約的命令提出廢止要求。
對於外界反對性別變更命定的聲浪，內政部戶政司副司長霍蘭萍指出，行政院性平處在4月與8時已經去函衛福部，要求對於變性人生理、心理、社會相關方面進行研究，以方便內政部依此研究訂定戶籍登記的程序。此外，也有建議衛福部可以在各縣市成立性別認定小組，目前衛福部仍在做相關研究。
根據內政部統計資料，台灣1998年至2014年11月底，共計有512人完成變性手續，其中男性有295人，女性則為217人。
