對於蔡政府被批評爭取出席WHA的作為不夠積極，郭旭崧說，能否獲邀的主因是兩岸，跟行政體系積極與否沒有必然關係。郭旭崧表示，扁政府時就非常地積極，仍無法出席，2009年因前總統馬英九採取不同的兩岸政策而終能出席，但是如果沒有扁時期主動向WHA提案，在大會辯論，讓台灣的聲音被聽到，並努力向國際宣達，再加上2003年SARS疫情的衝擊，也不可能在2009年因馬的兩岸政策就獲邀，所以其實是扁時期的努力加上馬政府的兩岸政策，「藍綠合作的結果」。
郭旭崧說，馬政府時期的作法其實很「委屈」，但仍有8成民意支持，主要是因為「我們以前沒有參加過」，但現在民意能否接受在「九二共識」、「一中原則」的前提下參加為期幾天的WHA？顯然有疑問；而經過這8年來的參與，他也會覺得，出席WHA對台灣的用處，「沒有大到需要把台灣的民主犧牲掉」。
重回扁時期在WHA提案表決台灣議題？郭旭崧：不好，當時的作為有很多情緒在內
中國最早提到讓台灣以「適當方式」參加WHO，是在中國前國家主席胡錦濤與前國民黨主席連戰於2005年會面時。郭旭崧說，不准台灣參與聯合國的國際組織，是中國「最後一道防線」，台灣能參加WHA是中國以其認為的適當方式安排的，去年WHA邀請函寄出時仍是馬政府執政，在那之後，蔡政府不接受這個安排，所以9月沒收到國際民航組織的邀請函，今年WHA的情勢也因此樂觀不起來。
如果同意中國政治前提這點無解，台灣能如何參與WHO？郭旭崧說，中國比較在意的是WHA，因為大會的成員是國家或團體，中國對民間專家學者參加的「技術性會議」比較不在意，台灣本來就應該積極參與WHO的「技術性會議」，「那是我們的底線」，甚至很多在WHA期間召開的技術性會議，旁聽者也可參加。
郭旭崧說，有時台灣參與不足的問題不是出在受WHO限制，而是政府沒有足夠資源，很多時候衛福部沒有預算，還要跟外交部申請經費才有辦法參加。
對於是否重回扁時期在WHA提案表決台灣議題的作法？郭旭崧指出，這種對抗的方式不是好方法，應要有更聰明的作法。回顧當時的時空背景，他說，當時台灣沒參與過WHO，對於被排除在外感到不公平，而且台灣有心、有足夠的能力可以貢獻，同時也有很強的台灣意識，當時的作為背後是有這麼多的情緒在裡面的。
郭旭崧說，台灣問題的根源在中國，去過WHA的人都清楚，也都支持台灣，但「不希望被迫選邊」；過去台灣議題提出時，總能影響議程的進行，曾有觀察員代表跟他說，「每當這時候，我們都只能頭低低地看台灣和中國演這場戲，也愛莫能助」。
