由內政部2012年委託學者專家辦理之「各國跨性別登記制度委託研究計畫」，研究報告建議將國民身分證中的「性別」欄，以及表彰性別字號之「1」與「2」等刪除。
內政部於101年12月16日委託學者專家辦理「各國跨性別登記制度委託研究計畫」，並於102年10月21日完竣。研究報告建議取消國民身分證中的「性別」欄及刪除表彰性別字號的「1」與「2」，僅在戶籍資料予以登記；或在戶籍資料中將原有性別欄改為「生理性別」，另再增設「社會性別」一欄等選項，保留國民身分證中的「性別」欄及表彰性別之字號「1」與「2」等。
前內政部次長蕭家淇16日上午受訪時澄清，此為委託研究報告的建議，尚非內政部政策方向。
蕭家淇指出，此案在內部開會時即有單位表示反對，他舉例，像是警察臨檢搜身時，執行勤務恐將有困難，恐發生性騷擾之虞。此外，未來在推動性別政策或研究上，也將難以執行，要從長計議。
綠委鄭麗君肯定內政部跳脫只有二元性別框架，但她也說，性別人權並非只有欄位問題，需透過制度性配套、系統性等修法落實；藍委呂學樟則認為，把身分證性別欄拿掉沒意見，但反對取消身分證字號前碼1、2註記，「這樣反造成戶政管理上的嚴重問題。」
該研究報告蒐集德國、瑞士、奧地利、日本、英國、加拿大、澳洲、韓、泰國及越南等許多國家跨性別身分登記制度，報告中也顯示各國護照均有性別欄，且除澳洲有第三性外，均為男、女2種性別。另目前有核發身分證明的國家，除德國外，均有性別欄，且目前世界核發身分證明的國家多未取消性別欄。
